Согласно другой версии, генерала удалили сзади прикладом по голове, раскроив череп и раздробив верхнечелюстные кости. По еще одной версии первый удар генералу нанес матрос с надписью на ленточке «Севастополь», кричавший при этом: «Корнилов бежал, этого уже не выпустим!» С ленточкой в данном рассказе явный перебор, т. к. матросы в Могилев прибыли не в бескозырках, а в папахах бурого цвета, которые вспоминают все очевидцы событий. Впрочем, в каждом правиле бывают исключения и, возможно, некий матрос, для большего форсу, действительно снял папаху, надев бескозырку. Согласно еще одной версии, вначале толпа матросов набросилась на генерала и стала избивать его. Окровавленный генерал даже не защищался. И только после этого кто-то из толпы выстрелил, после чего Духонин сразу упал. После этого его принялись колоть штыками, потом перебросили на другую сторону железнодорожного пути и оставили только тогда, когда убедились, что перед ними бездыханный труп.
По воспоминаниям же генерала М.Д. Бонч-Бруевича, матросы не стреляли в генерала и не били его прикладом, а вогнали Духонину штык в спину, после чего он лицом вниз упал на железнодорожное полотно. При этом М.Д. Бонч- Бруевич (свои мемуары он писал в СССР в 50-е годы) достаточно неуклюже попытался оправдать очевидных преступников, сославшись на некого матроса гвардейского экипажа, состоявшего комендантом штабного поезда Крыленко, что тот, «хорошо знавший матросов, якобы уверял М.Д. Бонч-Бруевича, что это сделала уголовная шпана, примазавшаяся к ним…» В любом случае генерал Духонин, по-видимому, был убит сразу. В поднявшейся суматохе с только что убитого генерала стащили сапоги. Пропали его часы и бумажник. Затем матросы бросились в город на поиски жены убитого генерала. Женщину спасло от расправы случайность – она оказалась в церкви у всенощной, и ее не нашли дома.
Впоследствии командир матросского отряда мичман С.Д. Павлов, не без гордости, напишет в своей автобиографии: «Ставку захватили, арестовали Духонина. Матросами моего отряда Духонин был убит».
Генерал А.А. Голембиевский впоследствии вспоминал: «Только через два дня удалось убрать труп генерала, причем на теле было обнаружено 16 штыковых ран, 3 шашечных в голову и 2 огнестрельных в спину. Генерал А.И. Деникин в «Очерках русской смуты» пишет по поводу убийства Духонина следующее: «…Толпа матросов – диких, озлобленных на глазах у «главковерха» Крыленко растерзала генерала Духонина и над трупом его жестоко надругалась».
Из воспоминаний матроса И. Григорьева: «Она (братва – В.Ш.) дальше разделалась уже с мертвым, нанеся ему бесконечное количество ран, кто во что попало, и поставила его на видном месте в телячьем вагоне, стоя приспособила, чтобы публика интересовалась царским генералом».
Тело Духонина на деревянных носилках отволокли на соседний железнодорожный путь и штыками швырнули в скотный вагон. Ночью труп ограбили: сняли сапоги, шинель и мундир с брюками, не пропадать же добру! Следующим утром о трупе Духонина вспомнили. Пьяные матросы таскали голый труп по вагону, ставили в угол, вставляли в рот дымящиеся папиросы. Отметим, что точно так же матросы издевались над трупом битого в марте 1917 года вице-адмирала А.И. Непенина. Невольно возникает вопрос, а ни одни и те же люди совершали убийства в Гельсингфорсе и Могилеве, или же просто фантазии революционных матросов в деле глумления над трупами была столь примитивна?
Конечно, в Петрограде понимали, что зверское убийство матросами генерала Н.Н. Духонина – это фактическое начало гражданской войны. Оставался, правда, последний шанс удержать Россию от этого кошмара – наказать виновных. Но выступить с осуждением действий матросов, не говоря уже о том, чтобы хотя бы формально наказать убийц, в Совнаркоме побоялись. Ведь разгоняли российских депутатов и убивали Верховного Главнокомандующего не какие-нибудь анархиствующие матросские банды, а люди, непосредственные подчиненные наркому по морским делам Совнаркома П.Е. Дыбенко и лично преданные ему. Поэтому, если бы только В.И. Ленин и его сподвижники в те дни заикнулись об аресте «дыбенковских гвардейцев», завтра матросы разогнали бы их самих.
Новый главнокомандующий, бывший прапорщик Крыленко так объяснял происшедшее в Могилеве: «Народная ненависть слишком накипела. Несмотря на все попытки спасти его (Н.Н. Духонина – В.Ш.), он был вырван из вагона и убит. Бегство генерала Корнилова накануне падения Ставки было причиной эксцесса. Товарищи! Будьте достойны завоеванной свободы!» Из Могилева Н.В. Крыленко сообщил Л.Д. Троцкому: «В связи с убийством Духонина необходимо юридическое оформление дела, акт дознания по моему предложению совершен. Тело отправлено в Киев. Если передать дело судебному следователю, обязательно вскрытие в Киеве, даже вплоть до выкапывания. Предлагаю прекратить дело постановлением государственной власти… Акты дознания достаточно реабилитируют от всяческих кривотолков… но возбуждение дела с обязательными допросами матросов едва ли целесообразно».