На эту телеграмму Л.Д. Троцкий ответил: «Было бы бессмысленно и преступно передавать дело в руки судебных чиновников старого закала. Если необходимо, можете передать дело революционному суду, который должен быть создан демократическими солдатскими организациями при Ставке и руководствоваться не старой буквой, а руководствоваться революционным правосознанием народа».
Интересно, что уже через год в своих воспоминаниях «Смерть старой армии» Н.В. Крыленко, как мог, оправдывал жестокое убийство Духонина. Он сожалел лишь о том, что последнего командующего русской армией не расстреляли: «Объективно нельзя не сказать, что матросы были правы. Их отправляли в бой, и в тылу они оставляли живым виновника их возможной смерти, объявленного врагом народа». Зверская расправа над Верховным Главнокомандующем всей российской армии потрясла всю Россию.
Из воспоминаний военно-морского представителя в Ставке контр-адмирал А.Д. Бубнова: «По прибытии на Могилевскую станцию Крыленко вызвал к себе генерала Духонина, которого матросы зверски убили при входе в вагон, где находился Крыленко, и таким образом кончил свое существование последний законный Верховный Главнокомандующий вооруженных сил России, а с ним кончила свое существование и Ставка – последний оплот русской законной верховной власти…»
И советские, и белоэмигрантские историки, в объяснении предпосылок убийства Н.Н. Духонина, склонны подчеркивать изначальную непримиримость интересов большевиков и Н.Н. Духонина. Непримиримость эта объяснялась тем, что В.И. Ленин с Н.В. Крыленко и И.В. Сталиным, в разговоре со Ставкой по прямому проводу 9 ноября, дали от имени правительства команду Главковерху начать немедленно переговоры с немцами о перемирии, а тот отказался ее выполнить. Однако предопределенности трагедии не было. Обе стороны прекрасно понимали степень крайнего напряжения армии в ожидании мира. Еще в ночь с 24 на 25 октября, когда в Ставке стало ясно, что образуется Советское правительство, от нее на фронты поступило распоряжение о присылке в Смольный по офицеру Генштаба для участия в составлении квалифицированного проекта договора о перемирии. На переговорах 9 ноября Н.Н. Духонину вполне были понятны слова В.И. Ленина: «Если промедление приведет к голоду, развалу или поражению, или анархическим бунтам, то вся вина ляжет на вас, о чем будет сообщено солдатам». Н.Н. Духонин прямо не отказывался начать переговоры. Но он совершенно недооценивал авторитет новой власти, а новая власть недооценивала офицерскую психологию переосмысления привычных понятий о чести, верности союзническому долгу и пр., недооценивала технических трудностей немедленного начала переговоров с боеспособной немецкой армией. Была удачная кандидатура на должность нового Главкома, которая устраивала как большевиков, так и Н.Н. Духонина – генерал М.Д. Бонч-Бруевич. Но обе стороны не приложили достаточных усилий для этого назначения. Главковерх – прапорщик не только затруднил взаимопонимание с офицерами, но он не имел достаточного авторитета и у матросов. Н.Н. Духонин стал также жертвой противоречий собравшихся в первой половине ноября в Могилеве социалистов – сторонников «однородно-социалистической» власти во главе с В.М. Черновым и украинских националистов. В результате Рада сделала невозможным своевременную эвакуацию Ставки в Киев.
Военно-морской историк М.А. Елизаров пишет: «Последствия убийства Н.Н. Духонина были глубокими как с политической, так и с психологической точки зрения. Убийство резко углубило раскол между офицерами и солдатами. Затерроризированные офицеры, проводя панихиды по Н.Н. Духонину, приходили к выводу, что с новой властью им еще сложнее будет ужиться и обращали взгляды к Дону. Солдаты, получив перемирие и почувствовав приближение демобилизации, психологически готовились идти на самые крайние меры для достижения своих целей… Последствия убийства главковерха русской армии были позитивными с точки зрения укрепления власти большевиков. Только теперь наступил поворотный момент на фронте в их сторону. Солдаты на фронте законность власти большевиков и Совнаркома рассматривали в первую очередь не с точки зрения её появления в результате восстания 25 октября, а с точки зрения программы большевиков и их первых реальных действий по ее выполнению. Серьезность факта убийства Н.Н. Духонина, с естественным осуждением его большевистской властью, показывала солдатам, что левее революционнее правительство ждать уже не следует. Проводившиеся повсеместно на фронте армейские съезды и другие совещания заменили старые комитеты на большевистские. Убедились в серьезности большевиков и немцы. В течение нескольких дней после убийства были подписаны соглашения о перемирии на фронтах. После этого всё больше начали давать знать о себе международные факторы Октябрьского «переворота», а сам он – превращаться в «революцию».