Другими известными и политически активными объединениями новых профсоюзов были Конфедерация свободных профсоюзов России (КСПР) и СОЦПРОФ. КСПР была создана в Москве в июне 1990 г. и с самого начала заявила себя как жестко антикоммунистическая и антисоветская организация. Будучи, как и другие «альтернативные» профсоюзы, настроена против Горбачева, КСПР в отличие от проельцинского большинства в новых профсоюзах критиковала и Ельцина. Причем — справа, рассматривая его как недостаточно жесткого антикоммуниста. К середине 1993 г. численность КСПР достигла 70 тыс. человек, после чего рост рядов прекратился. КСПР смогла закрепиться в основном в строительной и металлургической промышленности, в том числе, например, серьезно потеснив «официальные» профсоюзы на Череповецком металлургическом комбинате (ЧМК), одном из крупнейших в России. После короткой закулисной борьбы политику профцентра стал определять Председатель КСПР Александр Алексеев.
СОЦПРОФ существовал первоначально как всесоюзная структура и официально расшифровывался как «Объединение социалистических профсоюзов СССР». В начальный период большую роль в СОЦПРОФе играли левые социалисты, социал-демократы и анархо-синдикалисты. Затем СОЦПРОФ стал праветь. Слово «социалистические» в его названии было заменено на «социальные», а позже аббревиатура СОЦПРОФ и вовсе перестала расшифровываться. Из руководства СОЦПРОФа были «вычищены» все левые, лидер СОЦПРОФа Сергей Храмов из социал-демократа превратился в либерала. Позднее, в начале 2000-х гг., когда левые идеи в России вновь оказались модны, Храмов совершил очередной политический поворот и выступил в качестве антиглобалиста и критика системы. Однако это уже не имело большого значения, поскольку возглавляемое им объединение таяло на глазах. В 1992 г. официально утверждалось, что в нем 200 тыс. членов, но по оценкам независимых экспертов реальная численность не превышала 40 тыс. человек. Проверить это было невозможно: регистрация не велась, профсоюзные взносы не собирались. К началу 2000-х гг. и от этого числа людей в рядах организации оставалось не более одной десятой.
Новые профсоюзы повели яростную борьбу против традиционных, видя в них своих главных противников. Критикуя старую профбюрократию за связь с государством, они сами стали обращаться к правительству, надеясь получить поддержку против более крупных «официальных» конкурентов. После распада СССР, когда правительство России взяло курс на широкомасштабную приватизацию, лидеры «альтернативных» профсоюзов выступали в поддержку решений российских властей, не обращая внимания на недовольство трудящихся. В свою очередь правительство предоставило «альтернативным» профсоюзам непропорциональное их численности количество мест в Российской трехсторонней комиссии по трудовым отношениям и т. д.
Новым профсоюзам не удалось привлечь на свою сторону большинство работников. Даже там, где наблюдался значительный выход из старых профсоюзов, люди не торопились вступать в новые. Достоянием гласности стали финансовые скандалы, расколы и политические чистки в «альтернативных» профсоюзах. В прессе сообщалось о деньгах (50 млн рублей только в адрес отделения НПГ в Воркуте, насчитывавшего тогда всего 50 человек), полученных НПГ от российского правительства на организацию антигорбачевской забастовки весной 1991 г. (любопытно, кстати, что «посредником» между властью и «альтернативщиками» выступило в тот момент руководство «старых» профсоюзов).
Рыночная реформа и приватизация, с одной стороны, давление «альтернативных» профсоюзов — с другой, инициировали робкие перемены и в «традиционных» профсоюзах. Первоначально бюрократия надеялась, что удастся обойтись сменой вывесок. Всесоюзный центральный совет профессиональных союзов (ВЦСПС) был преобразован во Всеобщую конфедерацию профсоюзов (ВКП), после распада СССР превратившуюся в «международное объединение». Российские профсоюзы были объединены в Федерацию независимых профсоюзов России (ФНПР) во главе с Игорем Клочковым.
ФНПР сохранила на протяжении периода 1991—1996 гг. черты типичной советской, насквозь бюрократизированной, громоздкой, неповоротливой, консервативной и переполненной синекурами организации, не поспевающей за быстрыми переменами в обществе.
События августа 1991 г., поражение ГКЧП, запрет КПСС и последовавший за этим развал СССР застали руководство ФНПР врасплох. Опасаясь распространения антикоммунистических репрессий на свой руководящий аппарат и возможной конфискации собственности, руководство «официальных» профсоюзов во главе с Клочковым постоянно повторяло, что профсоюзы — вне политики (этот тезис был введен в официальные программные документы ФНПР). На практике в 1991—1992 гг. ФНПР перешла к «критической поддержке» российской власти.