В «Управляющем мозге» есть и другие ведущие темы: идеи, которые впервые появились, когда Голдберг был студентом, и которые он исследовал и разрабатывал с тех пор. Они имеют отношение к различного типа проблемам, с которыми сталкивается организм: попадание в новые ситуации (и потребность прийти к новым решениям) и потребность иметь установленные, экономичные шаблоны для знакомых ситуаций и требований. Голдберг рассматривает правое полушарие мозга как в особенной степени оснащённое для того, чтобы иметь дело с новыми ситуациями и решениями, а левую часть мозга — с рутинными вещами и процессами. С его точки зрения, существует непрерывная циркуляция информации, понимания от правого полушария к левому. «Переход от новизны к рутине, — пишет он, — это универсальный цикл нашего внутреннего мира». Это противоречит классической концепции, согласно которой левое полушарие является «доминантным», а правое — «субдоминантным», но соответствует клиническим данным, когда обнаруживается, что повреждение правого полушария может иметь намного более необычные и глубокие последствия, чем сравнительно понятные эффекты, наступающие в результате повреждения «доминантного» полушария. Голдберг считает, что именно целостность так называемого «второстепенного» правого полушария и целостность лобных долей имеют решающее значение для ощущения своего Я, своей идентичности.
Ещё одна центральная тема «Управляющего мозга» относится к тому, что Голдберг рассматривает как два радикально отличных, но дополняющих друг друга типа мозговой организации. Классическая неврология (и её предвестник, френология) рассматривает мозг как состоящий из многообразия, мозаики отдельных областей, или систем, или модулей, каждый из которых посвящён высокоспециализированной когнитивной функции, и все они относительно изолированы друг от друга, с очень ограниченным взаимодействием. Такая организация очевидна в случае более простых частей мозга, таких как таламус (который состоит из многих дискретных и отдельных ядер) и более древних частей коры головного мозга, — дискретные, небольшие повреждения зрительной коры могут вызывать соответственно дискретные потери цветового зрения, зрительного восприятия движения, глубины и т.д. Но такая система, утверждает Голдберг, будет жёсткой, негибкой и мало пригодной для того, чтобы иметь дело с новизной или сложностью, для адаптации или обучения. Такая система, продолжает он, была бы полностью неадекватной для сохранения идентичности или высшей духовной жизни.
Уже в 1960-е годы, будучи студентом, Голдберг начал представлять себе совсем другой тип организации в более новых и «высших» отделах мозга, в неокортексе (который начинает развиваться у млекопитающих и достигает высшего развития в человеческих лобных долях). Тщательный анализ последствий повреждения новой коры (неокортекса) даёт возможность предположить, что здесь уже нет дискретных, изолированных модулей или областей, а скорее присутствует постепенный переход от одной когнитивной функции к другой, соответствующий последовательной непрерывной траектории на поверхности коры. Таким образом, центральное понятие Голдберга — это понятие когнитивного континуума, градиента. Чем более юный Голдберг задумывался над этой идеей, тем более она увлекала его: «Я начал думать о моих градиентах как о нейропсихологическом аналоге периодической таблицы элементов Менделеева». Эта градиентная теория обдумывалась и проверялась двадцать лет, прежде чем приобрела законченный вид в публикации Голдберга в 1989 году, когда он собрал многочисленные подтверждающие её свидетельства. Революционная статья, в которой он обнародовал свою теорию, была большей частью проигнорирована, несмотря на огромную объяснительную мощь, которую она предвещала.
Когда в 1995 году я писал эссе о преждевременности в науке [