В дальнейшем темпы наступления неуклонно падали. Девять дней потребовалось для того, чтобы пройти 40 км от Пряжи до Петрозаводска. Финская армия явно «выработала свой ресурс», да и «наступательный порыв» после пересечения границы, видимо, иссяк. Солдаты не понимали, зачем и до каких пределов им надо идти в глубь безбрежных просторов северной России, а поскольку финские войска – повторим это еще раз – были скорее «народным ополчением», нежели нерассуждающим механизмом профессиональной армии, то случаи неподчинения и отказов от дальнейшего наступления перестали быть единичными. По сведениям финского исследователя Х.Хейниля, на Карельском перешейке отказы переходить границу 1939 г. произошли в каждом втором пехотном полку (363). Зафиксирован даже единичный (и основанный лишь на воспоминаниях очевидцев, а не на каких-либо документах) случай, когда с призывом не переходить границу к подчиненным обратился офицер в звании капитана. Еще раз подчеркнем, что все описанные выше случаи имели место на Карельском перешейке, и механически переносить эту статистику на ситуацию в частях, воевавших в Карелии, будет весьма опрометчиво, однако некая общая тенденция вырисовывается вполне отчетливо.
Тщетными оказались и надежды финского командования на то, что, перерезав железнодорожную магистраль Лодейное Поле – Петрозаводск, они смогут лишить 7-ю армию связи с «большой землей». Буквально за несколько недель до начала третьего этапа финского наступления было закончено строительство 400-километровой железнодорожной ветки, соединившей Беломорск с магистралью Вологда – Архангельск. Таким образом был создан «северный транспортный коридор» (Беломорск – Медвежьегорск – Петрозаводск), который позволял снабжать войска Карельского фронта, правда очень длинным, кружным путем. По северной магистрали в 7-ю армию прибыли свежие 313-я и 114-я стрелковые дивизии. Ожесточенные бои за Петрозаводск продолжались две недели и завершились взятием города 1 октября 1941 г.
Приказ Сталина о превращении всей оставляемой территории в зону «выжженной земли», сформулированный им в знаменитом радиообращении 3 июля 1941 г., в полной мере был распространен и на Карелию. Более того, именно там вследствие относительно медленного (медленного в сравнении с темпом наступления танковых соединений вермахта) продвижения финских войск этот приказ выполнялся в реальности. В Петрозаводске было разрушено до 50 % жилого фонда, в Кондопоге – 80 %; взорваны электростанции, разрушены лесопильные заводы; население, которое не успело или не захотело эвакуироваться, было оставлено без малейших запасов продовольствия. Только приход финской армии спас десятки тысяч человек от голодной смерти. Что, разумеется, не мешало и по сей день не мешает некоторым авторам оглашать страницы книг и газет причитаниями про «мизерные пайки» и «бесчеловечную расистскую политику» финских оккупантов…
Начался октябрь 1941 года, и началась ранняя и очень суровая в том году зима. После взятия Петрозаводска основные усилия финской армии были направлены на овладение Медвежьегорском и межозерным дефиле между Сегозером и северной оконечностью Онежского озера. Бои «местного значения» в заснеженном, бездорожном и безлюдном районе Северной Карелии продолжались до 6 декабря, Медвежьегорск несколько раз переходил из рук в руки. В конечном итоге финны заняли город и южный участок Беломоро-Балтийского канала. На этом наступление финской армии было повсеместно прекращено. В тот же день, 6 декабря 1941 г., финский парламент принял торжественное постановление о воссоединении освобожденных территорий с Финляндией; территории вне границ 1939 г. получили статус военной оккупированной зоны. Финский 3-й армейский корпус был выведен из оперативного подчинения штаба немецкой армии «Норвегия» и возвратился в распоряжение Маннергейма. Еще до конца 1941 г. началась массовая демобилизация финской армии. К весне 1942 г. в общей сложности 180 тыс. человек вернулись к мирному труду.