30 мая 1940 г. в газете «Известия» было опубликовано официальное сообщение наркомата иностранных дел СССР о зверских преступлениях литовской военщины, которая «похищает и пытает» с целью получения военных тайн рядовых красноармейцев из состава расквартированных в Литве с осени 1939 г. советских воинских гарнизонов. Правда, конкретные фамилии «похищенных красноармейцев» советская сторона постоянно путала (34, стр. 195). Предложение литовской стороны о проведении совместного расследования было с гневом и возмущением отклонено.
3 июня 1940 г. нарком обороны СССР маршал Тимошенко издал приказ № 0028, в соответствии с которым войска Красной Армии, размещенные на территории Литвы, Латвии и Эстонии, исключались из состава своих военных округов и переходили в непосредственное подчинение наркома обороны через его заместителя, командарма 2-го ранга А.Д. Локтионова (в будущем – генерал-полковник, командующий войсками вновь созданного Прибалтийского военного округа) (120, стр. 20). 8 июня 1940 г. Локтионов получил приказ подготовить аэродромы прибалтийских государств, на которых в соответствии с соглашениями октября 1939 г. дислоцировались советские авиачасти, «к обороне и приему посадочных десантов» (122). 11 июня в белорусском городе Лида, недалеко от границы с Литвой состоялось совещание командования Белорусского ОВО и 11-й армии, на котором был утвержден план операции и задачи войск 11-й армии, которая совместно с дислоцированным в Литве 16-м Особым стрелковым корпусом должна была «
После завершения развертывания войск у границ прибалтийских государств слово взяла советская дипломатия.
Поздним вечером (можно сказать – ночью), в 23:50 14 июня 1940 г. министр иностранных дел Литвы Уршбис (он с 10 июня уже находился в Москве) был вызван в кабинет Молотова. Там ему был зачитан текст Заявления Советского правительства, в котором было сказано дословно следующее: