Теперь Москве следовало реализовать полученное право на ввод войск в Прибалтику. На основании директивы наркома обороны № 071 от 30 сентября была образована военная комиссия под председательством командующего войсками ЛВО командарма 2‐го ранга К.А. Мерецкова, целью которой было «совместно с представителями Правительства Эстонии установить пункты размещения и обсудить вопросы устройства частей Красной Армии». Директива устанавливала примерные районы дислокации войск и сроки работы комиссии. Переговоры военных делегаций сторон завершились 10–11 октября подписанием соглашений о размещении войск и базировании флота в районах Палдиски, Хаапсалу, на островах Сааремаа и Хийумаа. В Хаапсалу советские войска размещались на время войны в Европе, но не более чем на 2 года, а КБФ на период сооружения баз получил право в течение 2 лет базироваться в Рохукюла и Таллине. Был оговорен порядок снабжения и посещения судами третьих стран районов базирования флота, причем полностью сохранялся суверенитет Эстонии, но учитывались и интересы советского флота. В соответствии с этими договоренностями в 8 часов утра 18 октября 1939 г. начался ввод в Эстонию частей 65‐го особого стрелкового корпуса (ОСК) и 71‐й особой авиабригады (с 3 марта 1940 г. переименована в Особую группы ВВС), общей численностью 21 347 человек, 283 танка, 54 бронеавтомобиля и 255 самолетов[605]
.Сходным порядком началась реализация договора с Латвией. В данном случае председателем комиссии Красной армии был назначен командующий войсками КалВО комкор В.И. Болдин. Военные комиссии сторон к 23 октября выработали ряд соглашений по размещению советских войск, пунктами базирования которых становились Лиепая, Вентспилс, Приекуле и Питрагс. Ввод морских сил должен был начаться 23 октября, а сухопутных войск в район Вентспилс – Питрагс – 29 октября, в район Лиепая – 30 октября. 23 октября в Лиепаю прибыл крейсер «Киров» в сопровождении эсминцев «Сметливый» и «Стремительный». В 11 часов утра 29 октября на станцию Зилупе прибыл первый эшелон советских войск. Согласно договоренности, в Латвию прибыли части 2‐го ОСК и 18‐й авиабригады, в которых на 22 ноября насчитывалось 21 559 человек, 1 031 пулемет, 148 орудий, 369 танков, 59 бронемашин, 1 686 автомашин[606]
.Согласно решению Политбюро ЦК ВКП(б) и директиве наркома обороны № 3427/сс от 15 октября 1939 г. военную комиссию на переговорах с Литвой возглавлял командующий войсками Белорусского фронта командарм 2‐го ранга М.П. Ковалев. Советская делегация намеревалась вести переговоры о размещении войск в Вильнюсе, Каунасе, Шауляе, Укмерге и Алитусе, но литовская сторона категорически отказалась обсуждать такую дислокацию советских войск, предлагая разместить гарнизоны ближе к германской границе. Переговоры с Литвой завершились 28 октября подписанием соглашения о размещении советских войск в районах Новая Вилейка, Алитус, Приенай, Гайжунай. ВВС должны были разместиться в Алитусе и Гайжунах и, кроме того, получить ряд оперативных аэродромов. Войска, расположенные в Новой Вилейке и Порубанке, считались уже введенными, а остальные должны были быть введены 3 ноября. Но церемония ввода войск состоялась лишь в 10 часов 15 ноября и носила чисто символический характер, поскольку советские войска уже находились в Вильнюсе, т. е. на территории Литвы. 15–17 ноября большая часть войск была выведена из Вильнюса в места постоянной дислокации. Первоначально советские войска должны были покинуть Вильнюс не позднее 15 декабря 1939 г., но 13 декабря стороны согласились продлить этот срок до 15 мая 1940 г. В Литве разместились части 16‐го ОСК и 10‐й отдельный истребительный авиаполк, в которых на 25 ноября насчитывалось 17 355 человек, 855 пулеметов, 190 орудий и минометов, 310 танков, 38 бронеавтомобилей, 1 390 автомашин и 63 самолета[607]
.