Поступившая 13–14 июня в войска директива ПУР № 5258/сс была отменена, и находившийся в Минске армейский комиссар 1‐го ранга Л.З. Мехлис подготовил новую директиву политорганам БОВО и ЛВО. 15 июня эта директива № 0483 была за подписью командования БОВО направлена Военным советам 3‐й и 11‐й армий. Теперь основой политработы должно было стать сообщение ТАСС с Заявлением советского правительства; требовалось добиться политического подъема и одобрения личным составом мудрой сталинской внешней политики и всех мероприятий, «направленных к обеспечению наших западных и северо-западных границ». Следовало разъяснять, что согласие литовского правительства на ввод войск не решает всех проблем, существуют антисоветские элементы, которые вооружены и выжидают. Поэтому необходимо проявлять бдительность и соблюдать воинскую дисциплину, нарушения которой следует карать по законам военного времени. Политорганам следовало обеспечить хорошее отношение населения к частям Красной армии, которые, «вступая в Литву, выполняют исторические задачи нашей социалистической родины. Мы обеспечиваем безопасность советских северо-западных границ, выходим на выгодный стратегический рубеж, который позволит народам Советского Союза продолжать свой мирный труд, охраняя первое в мире социалистическое государство рабочих и крестьян от всяких любителей чужого добра». В беседах с личным составом требовалось разъяснять, что «всякая война, которую ведет государство рабочих и крестьян, является войной справедливой, войной освободительной»[671]
.Мирное решение советско-литовского конфликта потребовало переориентации развернутых у границ Прибалтики войск с подготовки боевых действий на беспрепятственное занятие территорий. Пока шли переговоры, войска БОВО получили боевой приказ № 2, которым устанавливались время (15.00) и места перехода границы Литвы. Командование 11‐й и 3‐й армий своими приказами поставило перед войсками задачу на продвижение по территории Литвы, которое началось в 15.15 15 июня. 16‐й ОСК получил задачу занять Каунас и мост у Ионавы и удерживать их до подхода основных сил 11‐й армии. Несмотря на подписанное в 23.10 соглашение о дополнительном размещении войск Красной армии в 11 районах Литвы и приказ генерала Виткаускаса о лояльном отношении к советским частям, при переходе границы советскими войсками имели место отдельные стычки с литовскими военнослужащими, которые были либо подавлены, либо разрешены в ходе переговоров. Отмечались случаи превышения полномочий красноармейцами, сводившиеся к разоружению и пленению литовских солдат. Так, разведгруппа 185‐й стрелковой дивизии, направленная на погранзаставу, перешла границу и захватила литовскую заставу, зарубив 1 полицейского. Командование и политорганы пресекали подобное самоуправство и разъясняли личному составу его права и обязанности[672]
.15—16 июня советские войска заняли большую часть территории Литвы. 16 июня советские войска получили задачу вступить на территорию Эстонии и Латвии. В 9.00 17 июня военные уполномоченные сторон Й. Лайдонер и К.А. Мерецков (с 9 июня заместитель наркома обороны СССР) встретились в Нарве, а Д.Г. Павлов и полковник О. Удентыньш – на станции Ионишкис. Переговоры завершились соответственно в 15.00 и в 13.00 подписанием соглашений о вводе дополнительных войск, в которых были указаны места временной дислокации советских войск (9 в Латвии и 12 в Эстонии) и оговаривались хозяйственные вопросы[673]
. Войска 8‐й армии, развернутые на границе в боевых порядках «в готовности для наступления», были вынуждены за 1–2 часа перейти в походное положение и, получив задачу занять важнейшие пункты, в 5.00 17 июня начали продвижение в Эстонию и северо-восточные районы Латвии. Части 65‐го ОСК к 13.15 вместе с десантом КБФ, под прикрытием ставшего на рейде линкора «Октябрьская революция», 4 сторожевиков и 2 миноносцев, заняли крепости «Сууропи», «Найссаар», «Аэгна» и Таллин. Десантная операция в Гайжунай была отменена, и 16 июня 720 десантников из состава 214‐й авиадесантной бригады на 63 самолетах ТБ‐3 были переброшены на аэродром Шауляя, где они были в качестве танкового десанта приданы 2‐й и 27‐й танковым бригадам 3‐й армии, сосредоточившимся к исходу дня в районе Ионишкис. В тот же день в районе Риги с парашютом был высажен начальник парашютно-десантной службы ВВС БОВО капитан И.Г. Старчак. В 10.20 утра 17 июня танковые бригады и части 121‐й и 126‐й стрелковых дивизий перешли латвийскую границу и около 13.00 заняли Ригу. Остальные войска 3‐й армии заняли юго-восточные, а части 2‐го ОСК западные районы Латвии. В последующие дни войска продолжали занятие Прибалтики, которое в основном завершилось к 21 июня 1940 г. Несмотря на мирное продвижение, войска имели потери, которые по неполным данным составили 58 человек погибшими (самоубийств – 15, погибло в результате несчастных случаев – 28, утонуло – 15) и 158 человек ранеными[674].