Передачей СССР требуемых им территорий не завершилось урегулирование спорных вопросов. С 29 июня 1940 г. в Одессе начала работу советско-румынская правительственная комиссия по урегулированию спорных вопросов и эвакуации румынских войск и учреждений из Бессарабии и северной части Буковины (с советской стороны председатель генерал-лейтенант Д.Т. Козлов, с румынской - дивизионный генерал А. Алдя). Советская сторона требовала, чтобы Румыния возвратила угнанный подвижной состав железных дорог и передала техническую и картографическую документацию новых советских территорий. 31 июля 1940 г. было подписано советско-румынское соглашение о передаче СССР к 25 августа 175 паровозов и 4 375 вагонов692 . Со своей стороны СССР отказался рассматривать контрпретензии Румынии по военному имуществу, оставленному в Бессарабии, на основании заявления румынской делегации, что имущество расхитили дезертиры. Правда, позднее (20 сентября - 15 ноября 1940 г.) большая часть военных трофеев Красной Армии была возвращена Румынии, которая получила 51 644 винтовок, 1 080 ручных и 130 станковых пулеметов, 4 648 пистолетов, 36 минометов, 157 орудий, 16 270 453 патронов, 20 878 гранат, 115 138 снарядов693 .
2 сентября начала работу советско-румынская техническая комиссия по определению убытков и разрушений, нанесенных румынской армией при отходе из Бессарабии и Северной Буковины (с советской стороны председатель полковник В.В. Болознев, с румынской - генерал Карлаонц), которая занималась проверкой предъявленных документов через свидетелей или с выездом на место. Члены комиссии побывали в Кишиневе, Рени, Бельцах, Черновицах и Липканах. В ходе переговоров советская сторона требовала от Румынии возмещения ущерба и оплаты всевозможных документов финансового характера за май-июнь 1940 г. на общую сумму 2 601 млн лей. Проверки на местах показали, что претензии советской стороны были, как правило, завышены и во многих случаях не подтверждались. Румынская сторона, как правило, указывала на завышенность или необоснованность советских претензий и выдвигала собственные контрпретензии. 22 ноября 1940 г. техническая комиссия прекратила свою работу. В ходе переговоров была достигнута договоренность о сумме ущерба, нанесенного жителям Бессарабии, в 265 703 807 лей, но 28 ноября 1940 г. Румыния отказалась его возмещать, сославшись на то, что СССР не требовал этого в своих нотах694 .
Поражение Франции привело к нарушению сложившейся системы влияния великих держав и обострило борьбу за Балканы. Первым новую ситуацию использовал СССР, добившись разрешения Бессарабского вопроса. Венгрия и Болгария решили, что настало время осуществить их собственные территориальные претензии к Румынии. Опасаясь своих соседей, румынское руководство приняло решение ускорить сближение с Германией, что должно было помочь избежать новых территориальных уступок. 1 июля Румыния отказалась от англо-французских гарантий 1939 г. и на следующий день просила Германию о расширении сотрудничества и посылке в страну военной миссии. Однако в Берлине не спешили отвечать на румынские предложения, поскольку перед Германией стояла задача подчинить своему влиянию все Балканы, а для этого следовало использовать противоречия стран региона. В июле 1940 г. Германия отказалась от румынского предложения о гарантии границ Румынии и от роли арбитра в урегулировании территориальных вопросов, потребовав от нее договориться с соседями, учтя их требования. Такую же позицию заняла и Италия. В этих условиях в августе 1940 г. Румыния была вынуждена пойти на прямые переговоры с Венгрией и Болгарией695 .
В июле 1940 г. Германия, Италия и СССР, стремившиеся усилить, и Англия, пытавшаяся сохранить свое влияние в регионе, поддержали территориальные претензии Болгарии к Румынии. 19-21 августа состоялись румыно-болгарские переговоры в городе Крайове, в результате которых 7 сентября было подписано соглашение о передачи Болгарии территории Южной Добруджи площадью в 5 672 кв. км и населением 386 231 человек. 21 сентября соглашение было ратифицировано, и болгарские войска вступили в Южную Добруджу, а к 2 октября вся процедура была завершена696 . Со своей стороны Венгрия еще 28 июня уведомила Берлин, что в создавшейся ситуации она не исключает возможности решения вопроса о Трансильвании военной силой. В то же время она готова увеличить свои сельскохозяйственные поставки в Германию и предоставить ей право пользования венгерскими железными дорогами. 29 июня венгерские войска начали сосредоточение у румынской границы697 . Одновременно Венгрия пыталась выяснить позицию других великих держав.