Решения Венского арбитража вызвали недовольство в Москве, и, когда 31 августа Шуленбург уведомил Молотова об их содержании, последний указал, что Германия своими действиями нарушила статью 3 договора о ненападении, "не проконсультировавшись с советским правительством в вопросе, который не может не затрагивать интересы СССР, т.к. дело идет о двух пограничных Советскому Союзу государствах". Кроме того, по мнению Молотова, эти действия Германии противоречат ее заявлению от июня 1940 г., что "вопросы Балкан и Юго-Востока Европы должны совместно разрешаться СССР, Германией и Италией". Шуленбург обещал передать это заявление в Берлин, предположив, что "отсутствие консультации с СССР в данном вопросе может быть объяснено только большой поспешностью в его решении"706 .
9 сентября Шуленбург передал Молотову ответ германского правительства, согласно которому, поскольку ни в ходе Московских переговоров, ни позднее СССР не ставил Берлин в известность об имеющихся интересах относительно Венгрии и других территорий Румынии, кроме Бессарабии, то "о существовании обоюдных интересов в смысле Московского пакта о ненападении говорить не приходится". Выдвинув контрпретензии относительно советских действий в ходе присоединения Прибалтики и Бессарабии, Германия указала, что тем не менее поддержала советские требования к Румынии. Германское правительство заявляло, что его действия "в отношении Румынии и Венгрии были направлены на сохранение мира в Дунайском регионе, чему серьезно угрожала имевшаяся напряженность между обеими странами, что было возможно лишь при быстром дипломатическом вмешательстве", поэтому времени для извещения Москвы не осталось707 . Выслушав это сообщение, Молотов заявил, что позднее передаст послу письменный ответ советского правительства, а пока он лишь констатирует, что "точка зрения советского правительства расходится с точкой зрения германского правительства", и вновь повторил свои доводы относительно нарушения Германией статьи 3 договора о ненападении. Кроме того, Молотов отметил, что вопрос о Южной Буковине остался открытым и германские "гарантии Румынии расходятся с этим пожеланием" СССР, и вновь настаивал на необходимости консультаций708 .
21 сентября Молотов передал Шуленбургу ответную памятную записку советского правительства на германский меморандум от 9 сентября, в которой указывалось, что своими действиями в Вене Германия все же нарушила статью 3 договора о ненападении, так как не подлежит "сомнению, что принятые в Вене решения о передаче значительной части Трансильвании и о гарантиях со стороны Германии и Италии государственной территории Румынии относятся именно к тем вопросам, которые затрагивают общие интересы наших стран и в силу этого обязывают к консультации, предусмотренной в ст. 3 Договора от 23 августа 1939 г." СССР оказался поставлен перед свершившимся фактом, а германские гарантии новых границ Румынии дают повод для утверждений, что они направлены против СССР. Этого можно было бы избежать, если бы оба правительства заранее проконсультировались. Советское правительство "подтверждает свои заявления о признании особых экономических интересов Германии в Румынии, особенно в области нефтяных и зерновых поставок", но отмечает, что заявление германского правительства о том, что после решения Бессарабского вопроса СССР признает исключительные интересы Германии в Румынии, неправильно. Советское правительство отвело упреки Германии относительно отсутствия консультаций по вопросам Прибалтики и Бессарабии, указав на их необоснованность.
Кроме того, было указано, что вопросы территориального урегулирования между Румынией и Венгрией ранее обсуждались на переговорах в Зальцбурге, и, следовательно, германское правительство имело достаточно времени, чтобы вступить в контакт с СССР. Поэтому спешка не может служить оправданием невыполнения германским правительством ст. 3 договора о ненападении, точное выполнение которого и является условием для умиротворения Дунайского бассейна. В заключение советское правительство предлагало, "если ст. 3 Договора о ненападении представляет с точки зрения Германского правительства известные неудобства и стеснения, Советское правительство готово обсудить вопрос об изменении или отмене этой статьи Договора"709 . 13 октября в своем письме Сталину Риббентроп объяснял действия Германии в венгеро-румынском споре необходимостью недопущения расширения сферы войны на Балканы и утверждал, что германо-итальянские гарантии Румынии вовсе не направлены против СССР. При этом он вновь сослался на нехватку времени для консультаций с Москвой и сообщал, что посланная несколько дней назад в Румынию германская военная миссия имеет целью помочь обучению румынской армии и охранять нефтяные источники от возможных действий Англии710 .