На новом месте службы Флуг также развил бурную всестороннюю деятельность: участвовал в полевой поездке офицеров флота, Генерального штаба и строевых войск для изучения районов крепости Порт-Артур (с 24 апреля по 5 мая 1898 г.); исполнял должность начальника штаба войск Квантунского полуострова (с 10 по 14 мая, с 21 мая по 13 июня, с 21 июля по 9 октября 1898 г.); был членом комиссии по вооружению крепости Порт-Артур (с 16 октября 1898 г.); помогал командиру Восточно-Сибирского стрелкового артиллерийского дивизиона при проведении зимних тактических занятий с офицерами.
22 июня 1899 г. В.Е. Флуг был назначен исполняющим должность начальника штаба войск Квантунского полуострова, впоследствии — 3-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады (с 16 сентября 1899 г.), а с 16 октября 1899 г. стал исполнять должность начальника военного отдела штаба Квантунской области.
На новом посту Флуг курировал госпитали Квантунской области, наблюдал за деятельностью Порт-Артурской приготовительной школы Военного министерства. В этот период он был награжден орденом Святого Станислава 2-й степени (23 января 1900 г.).
С 7 марта 1900 г. Василий Егорович исполнял обязанности начальника штаба Квантунской области по военному отделу, где 9 апреля его застало производство в полковники.
Рост по службе неуклонно продолжался — 20 июня 1900 г. В.Е. Флуг был назначен обер-квартирмейстером и начальником полевого штаба войск Квантунской области и морских сил Тихого океана, 22 июня 1900 г. — начальником военного отдела штаба Квантунской области, а 22 августа — обер-квартирмейстером полевого штаба войск Квантунской области. Тогда же он был награжден орденом Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом (28 октября 1900 г.) и золотым оружием с надписью «За храбрость» (15 марта 1901 г.).
27 апреля 1901 г. В.Е. Флуг был прикомандирован к Главному штабу, а с 16 мая по 17 ноября к 1-му Лейб-драгунскому Московскому полку (для ознакомления с общими требованиями управления и ведения хозяйства в кавалерийских частях). Интересен тот факт, что с 27 июля по 5 августа 1901 г. Флуг руководил первой группой офицеров в кавалерийской поездке в район г. Мценска Орловской губернии.
12 января 1902 г. Василий Егорович возвратился к штатному месту службы, вступив 16 января в должность начальника военного отдела штаба Квантунской области, а с 21 января был назначен исполняющим должность начальника штаба области.
В этот период В.Е. Флуг командировался в Мукден, участвовал в поездках в Южную Маньчжурию, Пекин, Шанхай-Гуань. 1 января 1904 г. он назначается начальником временного военного штаба наместника Его Императорского Величества на Дальнем Востоке, а 29 января 1904 г. — генерал-квартирмейстером Полевого штаба наместника. Со 2 по 26 февраля 1904 г. Василий Егорович исполнял высокую должность начальника полевого штаба наместника.
В рассматриваемый период он был награжден крестами: офицерским французского ордена Почетного легиона и командорским бельгийского ордена Леопольда, знаком Российского общества Красного Креста. 15 декабря 1903 г. Флугу Высочайше было разрешено принять и носить прусский орден Красного Орла 2-го класса с мечами. 15 октября 1904 г. за отличия в делах против японцев он был награжден орденом Святого Владимира 3-й степени с мечами. 22 мая 1905 г. Высочайше ему было разрешено принять и носить большой офицерский крест итальянского ордена Короны.
23 августа 1903 г. Василий Егорович был назначен временно исполняющим должность начальника временного военного штаба наместника Его Императорского Величества на Дальнем Востоке, а 27 августа 1903 г. произведен в генерал-майоры.
27 ноября 1904 г. В.Е. Флуг поступил в распоряжение главнокомандующего всеми сухопутными и морскими вооруженными силами, действующими против Японии, а 14 января 1905 г. стал исполнять должность генерал-квартирмейстера 2-й Маньчжурской армии.
10 июля 1905 г. он был назначен временно исполняющим должность начальника штаба 2-й Маньчжурской армии и награжден орденом Святого Станислава 1-й степени с мечами (13 июля 1905 г.). Являлся Василий Егорович и автором работ, посвященных Русско-японской войне
{183}.Впоследствии В.Е. Флуг назначается военным губернатором Приморской области, одновременно являясь наказным атаманом Уссурийского казачьего войска (с 21 сентября 1905 г.). В этот период генерал также становится обладателем ряда наград: за отличие в делах с японцами он награжден орденом Святой Анны 1-й степени с мечами (23 сентября 1905 г.); удостоен светло-бронзовой медали на Александровской и Георгиевской ленте в память Русско-японской войны 1904—1905 гг. (5 мая 1906 г.); медали Российского общества Красного Креста за участие в деятельности Красного Креста во время войны 1904—1905 гг. с Японией (22 января 1907 г.).