В то же время экспериментальный метод Галилея никогда не подвергался сомнению церковью. Как и Джордано Бруно, Мигель Сервет преследовался католической церковью, а затем был осужден протестантами Женевы за отрицание догмата о св.Троице и активную политическую деятельность.
Основные черты рационалистической философии Рене Декарта (1596-1650) состоят в упоре на самосознание (а не внешний опыт) и в дуализме разума (духа) и материи, породившем трудную проблему их связи. Несмотря на механистическое воззрение, он оставался верующим человеком, хотя его отношения с католической церковью были непростыми (по тем же причинам, что и у Галилея). Декарту и Лейбницу принадлежит вероятностный подход к описанию физических объектов, выходящих за внутренний мир человека, о котором только и могло быть получено достоверное знание.
Весьма сложной является и крупнейшая фигура европейской научной революции - Исаак Ньютон (1643-1727). Будучи глубоко религиозен, он, хотя и занимал должность в колледже св.Троицы (Тринити), придерживался самостоятельных еретических антитринитарианских убеждений, близких к арианству. Следует также отметить влияние на Ньютона группы "кембриджских платонистов", особенно Генри Мора (1614-1687), который познакомил его с герметизмом. Отсутствие философских утверждений в научных трудах Ньютона обусловлено скорее нежеланием вступать в опасные теологические споры, чем равнодушием к метафизическим проблемам. Как бы то ни было, философские взгляды Ньютона имели далеко идущие последствия.
До тех пор, пока в европейской культуре в основе представлений о природе как божественном творении лежала ортодоксальная тринитарная концепция, ничто не могло разрушить антропоцентричность средневекового образа Вселенной. И лишь после того, как из фундамента христианского мироздания было удалено представление о Сыне-богочеловеке как ипостаси, единосущной Отцу, Троица Афанасия была заменена единым Богом антитринитариев-деистов, "распались концы" старой Вселенной. Ее заменил бесконечный однородный изотропный универсум, предельно чуждый антропоцентризму и антропоморфизму. Самый серьезный, решительный удар старой Вселенной был нанесен антитринитарием Ньютоном: будучи связан еще с теологией, его образ мира уже не является христианским (Л.М. Косарева, Рождение науки Нового времени из духа культуры, М., 1997, с.357).
Ньютон сделал свои основные открытия в области физики и математики в молодом возрасте и публиковал их часто с опозданием на десятки лет в полемике с Лейбницем и Гуком (этому примеру следовали позднее ряд других крупных ученых - Кавендиш, Гаусс, Хевисайд). Большую часть своей жизни он посвятил толкованию апокалиптических книг Библии (впрочем, достаточно рационалистическому) и алхимическим исследованиям. Существует ряд легенд и собственных утверждений Ньютона о достигнутых им успехах в алхимии; здесь его предшественником был Роберт Бойль (1627-1691). Эти факты (однако в крайне "светском" осмыслении) можно найти, например, в Британской энциклопедии и в книге С.И.Вавилова "Исаак Ньютон". Как пишет в ньютоновской биографии Дж.Кейнс (J.Keynes), Ньютон был последним из великих магов, а не первым из великих ученых. По словам Вестфалля (R.S.Westfall, Force in Newton's Physics, 1971, цит. по работе М.Элиаде "Кузнецы и алхимики", в кн. Азиатская алхимия), "современная наука есть результат брака герметической традиции с философией механики". В указанной работе Элиаде можно найти и другие ссылки на академические труды, подтверждающие эпиграф к разделу (цитату из У.Эко).
В то же время не подлежит сомнению и оригинальный стиль Ньютона. Следуя во многом математическому методу Декарта, он не применял его до логического конца, а удачно сочетал с индуктивным методом, что и определило успех новой натурфилософии. Субъективность картины мира, построенной в результате работ Ньютона и его последователей, подчеркивается В.Паули ("в семнадцатом столетии они зашли немного дальше, чем следовало", что и привело к детерминистической системе организации мира, см. K.V. Laurikainen, р.55).