19 февраля 1922 года патриарх предложил епархиальным советам передать в фонд помощи голодающим церковные ценности, за исключением священных предметов. 26 февраля правительственным декретом конфисковались все церковные ценности, включая священные предметы. Верующие пытаются воспрепятствовать конфискации. В течение первых трех месяцев выполнения декрета было зарегистрировано 1414 кровавых инцидентов — столкновений верующих с войсками. Сопротивление верующих Шуи, во время которого было убито 4 и ранено 10 человек, немедленно используется Лениным для составления строго секретного инструктивного письма, адресованного членам Политбюро. «Надо именно теперь проучить эту публику так, чтобы на несколько лет ни о каком сопротивлении они не смели и думать». Ленин дает указания: арестовать как можно больше «представителей реакционной буржуазии и реакционного духовенства», провести показательный процесс, расстрелять «очень большое число». Во время процесса, организованного в Москве в апреле-мае 1922 года, 11 обвиняемых были приговорены к смертной казни. В отношении пятерых приговор был приведен в исполнение. В качестве свидетеля, а затем и обвиняемого, был привлечен патриарх Тихон. Он был помещен под домашний арест и лишен возможности исполнять свои функции. На процессе в Петрограде (июль 1922 года) судили 86 человек. К смерти было приговорено 10 обвиняемых, казнено четверо, в том числе митрополит Вениамин. В общей сложности в 1922 году было казнено 8 100 священников, монахов и монашенок.
Не перестает вестись и «антирелигиозная работа», в частности продолжается разоблачение суеверия. В газетах появляются сообщения «разоблачительного» характера: «Петроград. 2 августа следователем по важным делам, в присутствии духовенства и экспертов, профессоров Петроградского медицинского института, было произведено вскрытие мощей Александра Невского. Вместо мощей в раке оказались кусочки костей, перемешанных с мусором».
Борьбу с церковью значительно облегчил происшедший в ней раскол. Группа петроградских священников во главе с Александром Введенским, явившись к арестованному патриарху, потребовала передачи им патриархальной канцелярии, чтобы церковь «не осталась без всякого управления». Патриарх передал свою власть митрополиту Агафангелу, находившемуся в Ярославле, а до его приезда поручил канцелярию А. Введенскому и его приверженцам. 18 мая 1922 года они совершают переворот, ликвидируют патриархат и объявляют о создании Высшего церковного управления. Рождается «Живая церковь», которой «советская власть оказывает свою моральную, материальную и, в особенности, полицейскую, поддержку». На «Живую церковь» возлагаются большие надежды. Мне кажется, говорил Г. Зиновьев А. Введенскому, что «ваша группа могла быть зачинателем большого движения в международном масштабе». Быть может, руководитель Коминтерна, участвовавший в 1921 году в учреждении Профинтерна, видел в будущем возможность создания церковного интернационала под руководством партии большевиков Оказывая «Живой церкви» помощь, развертывая перед ее руководителями радужные перспективы, советская власть напоминала им и о другой стороне медали. Утверждение смертного приговора по отношению к 5 осужденным в московском процессе, — писал Мих. Горев, — «должно не только отрезвить горячие контрреволюционные поповские головы, но и преподать урок и элементарной политической азбуки новому Высшему церковному управлению». Л. Каменев, после петроградского процесса, подчеркивая «наивысшую снисходительность» ВЦИК, заменившего 6 обвиняемым «высшую меру долгосрочным заключением», напомнил: «Нет, не может быть и не будет милости в отношении тех князей церкви, а также мирян, выходцев из архибуржуазной среды, которые ныне, прикрываясь организацией церкви, поднимают наиболее темные и развращенные элементы населения против рабоче-крестьянской власти».