В России митрополит Антоний присутствовал на похоронах своего друга митрополита Никодима, на торжестве 1000-летия Крещения Руси, на предвыборном Соборе после кончины патриарха Пимена. Его кандидатуру выдвинули в патриархи, однако она была отклонена по той причине, что владыка не российский гражданин.
Незадолго до распада Советского Союза и особенно после него в Лондон хлынул поток русскоязычных людей. Исторический контекст оказался таким, что коренная, уже многоязычная и многочисленная епархия почувствовала, что у нее уходит почва из-под ног. Там, где было единоначалие и почти родственные отношения, основанные на всеобщей привязанности к владыке, возникли две противоположные тенденции: у старожилов – сохранить многоязычность, устав, уберечься от напора русскости, не отличаемой от советскости, отстаивать независимость и нестяжательство ранней довизантийской церкви, столь дорогой религиозным мыслителям русского рассеяния, в том числе и митрополиту Антонию. Другая тенденция стремилась к тому, чтобы радостно приветствовать и окормлять духовно голодных людей из России, которые, однако, чувствовали себя растерянными в чужой обстановке и жаждали найти в своем храме традиционные устои дореволюционной русской жизни, во всяком случае, преобладание русского языка. Владыка сочувствовал и тем и другим, разделял и пафос созданного им прихода, и тоску по родине новоприезжих. Раньше он умел пресекать споры о языке. Молиться, говорил, надо на такой глубине, где язык не имеет значения. С другой стороны, он хотел, чтобы каждый чувствовал себя желанным и любимым членом Тела Христова, и прилагал все усилия примирить обе тенденции, но был уже стар и физически немощен. В 2002 г., когда исполнилось сорок пять лет архиерейского служения владыки, у него обнаружили рак. В феврале 2003 г. он перенес операцию и отправил в Патриархию прошение об уходе на покой – оно было удовлетворено лишь за пять дней до его кончины. До конца своих дней он оставался бессребреником, находясь в палате на четыре человека в лондонской больнице, где за ним постоянно ухаживал его старый друг, священник Джон Ли. Умер владыка 4 августа 2003 г.
В слове на кончину Антония Сурожского митрополит Кирилл Смоленский и Калининградский, в то время председатель Отдела внешних церковных связей в Московской патриархии (ныне Патриарх Московский и всея Руси), сказал: «В те времена, когда у нас не представлялось возможным возвещать Христову истину вслух, владыка Антоний имел возможность делать и делал это». На похоронах собралось много народа, приехали представители не только православного духовенства, архиепископ Кентерберийский Роэн Уильямс говорил о значении личности владыки и для верующих в Великобритании. Митрополита Антония погребли рядом с его матерью и бабушкой. К могиле долго подходили люди всех возрастов и национальностей: бросали по горсти земли и пели: «Христос воскресе».
У скромного православного креста на инославном кладбище по сей день всегда живые цветы.