Л.Д. Троцкий направлял в Совет Обороны телеграммы по конкретным вопросам, которые, следует отметить, обсуждались в Совете Обороны с особой тщательностью. Так, по вопросу о военном имуществе в рыбинских складах ВСНХ Совет Обороны назначил специальную комиссию в составе И.В. Сталина, Э.М. Склянского, В.И. Ленина и Л.Б. Красина
Дисциплинированный Ф.Э. Дзержинский делал на заседаниях Совета Обороны доклады исключительно по вопросам деятельности ВЧК — о телеграмме В.И. Невского и представителя ВЦСПС с предложением комиссарам дорог не допускать арестов чрезвычайными комиссиями служащих без предварительного согласования с комиссарами дорог и профессиональной ж.-д. организацией (наркому юстиции Д.И. Курскому Совет Обороны поручил расследовать «незакономерность» действий чекистов и дать своё заключение, Л.Б. Красину и Ф.Э. Дзержинскому — разработать правила)[1267]
. При этом присутствие Дзержинского и как правило отсутствие Троцкого приводило к тому, что интересы Реввоенсовета Республики не всегда удавалось отстоять представлявшему РВСР Э.М. Склянскому. Так, если 19 августа 1918 г. Наркомвоену удалось объединить все вооружённые формирования наркоматов под эгидой военного ведомства[1268], 26 мая 1919 г. ВЧК добилась выведения из подчинения Наркомвоена войск особого назначения. Заслушав доклад «Об объединении всех родов войск особого назначения», Совет Обороны поручил начальнику ВОХР К.М. Валобуеву созвать на следующий день комиссию в составе Морозова (ответственный сотрудник Наркомата продовольствия), Н.И. Раттэля (ответственный специалист Наркомвоена) и Бальбатова (ответственный сотрудник Наркомпути). Комиссия обязывалась переработать Положение об объединении войск особого назначения, включив в штаб войск ВЧК двух помощников командующего (одного от Наркомата продовольствия, второго от Наркомпути). Первоначально предусматривалось, что начальник штаба «назначается ВЧК»[1269], однако эта формулировка, по-видимому, показалась всё же недостаточно корректной по отношению к Наркомвоену, и 28 мая, несмотря на присутствие на совещании Дзержинского (был и Валобуев), в итоговом варианте декрета указывалось, что начальник Штаба ВОХР назначаетсяИ.Т. Смилга, возглавлявший в марте 1919 г. Политуправление как первый партийно-государственный орган — отдел ЦК РКП(б) в армии и одновременно составную часть центрального аппарата управления РККА — выступил 12 мая с проектом декрета