В статьях об Э.М. Склянском советского периода, равно как и в постсоветской биографической литературе о заместителе и свояке Л.Д. Троцкого, в строгом соответствии с воспоминаниями последнего, указано, что Склянский послушно проводил в жизнь ценные указания вождя мировой революции, полученные им на заседаниях Совета Обороны. Однако, как свидетельствуют протоколы заседаний Совета, о крайней мере, к лету 1919 г. положение стало меняться. 11 июля, в апогей волнений среди московских офицеров, связанный с приближением белых к столице, В.И. Ленин вынес на рассмотрение Совета Обороны «Проект постановления о мерах борьбы с контрреволюционными элементами в армии». По итогам присутствовавшим на заседании Э.М. Склянскому и Ф.Э. Дзержинскому и отсутствовавшему И.Т. Смилге поручалось «ознакомиться с проектом […] и дать своё заключение не позже […] 16 июля с.г.»
. Предусматривалась возможность подписания проекта В.И. Лениным от имени Совета Обороны в случае его единогласного принятия тремя указанными лицами[1272]. На следующем заседании Совета Обороны вопрос не обсуждался, зато 18 июля Совет Обороны, заслушав «Заключение о проекте постановления о мерах борьбы с контрреволюционными элементами в армии» (доклад Э.М. Склянского, Ф.Э. Дзержинского и вновь отсутствовавшего на заседании И.Т. Смилги), выразил Эфраиму Склянскому «порицание за невыполнение постановления СО от 11 июля» и постановил «обсуждение вопроса отложить до ознакомления с ним т. Смилги, поручив т. Дзержинскому немедленно по приезде т. Смилги созвать совещание из тт. Склянского, Смилги и Дзержинского. Доклад вышепоименнованных товарищей по данному вопросу представить в СО в среду, 23 июля». Склянский рискнул саботировать ленинское решение в разгар развязанной председателем Совнаркома чистки «Красной Ставки» — Полевого штаба РВСР, когда был арестован Главком И.И. Вацетис и около десятка его сотрудников. Более того — при обсуждении на том же заседании кандидатур на должности особоуполномоченных Совета Обороны по проведению военного положения на железных дорогах Э.М. Склянский выступил против назначения таковыми комиссарами членов коллегии Наркомата путей сообщения А.Д. Нагловского и В.Н. Ксандрова — к 23 июля ему приказывалось представить «письменную мотивировку отвода»[1273]. В протоколах заседания Совета Обороны это первое свидетельство расхождения Склянского с общей политикой Совета Обороны — вероятно, к этому времени он уже не просто сработался с Троцким, но и сделал на него свою политическую «ставку». (Относительно А.Д. Нагловского точно известно, что он был назначен уполномоченным Совета Обороны по проведению военного положения на железных дорогах Северного фронта.) Позднее Э.М. Склянский осмелился открыто встать в оппозицию не кому-нибудь, а члену Политбюро ЦК РКП(б) И.В. Сталину[1274] (очень символично, что Эфраим Склянский, скрупулёзно собиравший переписку Л.Д. Троцкого с В.И. Лениным, утонул в Америке при невыясненных обстоятельствах в самый разгар борьбы мифического триумвирата Сталина — Зиновьева — Каменева с Троцким).В.А. Аванесов выступал по самым разнообразным вопросам: законодательным (проект постановления о порядке обследования складов Москвы и пригородов представителями Центрального управления по снабжению армии[1275]
), внутренней политики (о поручении ВЧК ликвидировать заговоры, мешавшие обороне)[1276], об эвакуации[1277], военной промышленности, двум хозяйственным (о передаче завода Гартмана в Луганске в распоряжение ВСНХ, о ремонте паровозов)[1278]; ж.-д.[1279], контролю над деятельностью ведомств (выступая 29 апреля с докладом «Об организации в учреждениях и отделах ВСНХ и [Нар]компрода, в соответствии с нуждами военного ведомства», два раза — по вопросам Наркомата государственного контроля: один раз доложил, что наркомат «в большей части» достиг «результатов»). 7 апреля Совет Обороны предложил Аванесову достигнуть соглашения с НКВД РСФСР и «в случае соглашения уполномочить т. Ленина подписать его от имени Сов[ета] Обороны»[1280]. Весной 1919 г., судя по всему, Аванесов с головой ушёл в ревизию советских учреждений, т.е. сосредоточился на работе в Наркомате государственного контроля[1281].