Семь лет пробыл Савонарола в доминиканском монастыре в посте, молитвах и размышлениях. В 1482 году монастырское начальство, ценившее образованность и ум молодого монаха, решило отправить его во Флоренцию.
Так фра Джироламо оказался в монастыре Сан-Марко, практически «придворном» монастыре семьи Медичи.
В то время проповеди Савонаролы, который сам себя уже считал пророком, вызывали у флорентийцев лишь насмешки. Посреди цветущего прекрасного города появился странный монах, который призывал к скромности и отказу от праздников, вместо привычных античных философов он кричал о Страшном суде. Правда, в то время Савонарола произвел большое впечатление на поэта Пико делла Мирандолу, друга Лоренцо, который и настоял на возвращении Савонаролы, несколько лет проповедовавшего в городах Северной Италии, во Флоренцию.
1 августа 1490 года Савонарола вновь появился во флорентийском монастыре Сан-Марко. И теперь его проповеди воспринимали по-другому. Он говорил о тиранах, об угнетении бедных, непосильных налогах и нищете, о разврате священников и пугал концом света за грехи.
Особое впечатление на слушателей произвело его видение руки с гигантским мечом на небе. На мече было написано: «Скоро и быстро на землю опустится меч Божий». Затем меч опустился, в воздухе потемнело, посыпались мечи и стрелы, все запылало огнем, раздались страшные раскаты грома, и на землю пришли война, голод и чума.
Флорентийцы были напуганы. Все больше людей приходило слушать проповедника. В 1491 году он был избран настоятелем монастыря Сан-Марко, Лоренцо к этому моменту уже забеспокоился, но было поздно.