Организация выделенных сил и командования в предстоящей операции в своей основе была близка к организации десантных операций. Общее руководство сухопутными войсками должен был осуществлять генерал-лейтенант А. Н. Бахтин. Я назначался его заместителем по морской части. На период форсирования Днестровского лимана все выделенные силы и средства армии переходили в мое подчинение. Береговой флагманский командный пункт флотилии мы решили расположить в Овидиополе. Там же размещался командный пункт специальной группы войск 46-й армии, что обеспечивало быстрый и надежный контакт с армией.
Организационным приказом от 17 августа 4944 года из выделенных сил и средств были сформированы:
Высадку войск на западный берег Днестровского лимана решено было произвести двумя группами внезапно, используя скрытность подготовки и перехода.
1-я группа (командир капитан 3 ранга А. В. Шальнов) высаживает войска из пунктов коса Долгая, село Калаглея и город Овидиополь на участок Молога — (Сухие Чагиры (севернее Аккермана); 2-я группа (командир капитан-лейтенант Л. П. Потапов) — из села Роксоляны в поселок Шабо (южнее Аккермана). Один батальон 1-го гвардейского укрепленного района форсирует Цареградское гирло, взаимодействуя с отрядом кораблей огневой поддержки капитана 2 ранга П. П. Давыдова.
Тщательно и детально были продуманы все вопросы подготовки сил и средств, их сосредоточения в пунктах посадки и перехода лиманом. Это осуществлялось в строгом соответствии юо специальным расписанием. Доставлялись они автотранспортом ночью и тщательно маскировались на берегу.
Форсирование лимана решено было произвести несколькими эшелонами. Первые из них, имея в качестве передовых отрядов штурмовые группы моряков, должны были следовать на весельных десантных лодках под покровом ночи и открывать огонь лишь в том случае, если противник обнаружит десант. С этого момента начинается и артиллерийская поддержка десанта. Последующие эшелоны с противотанковой артиллерией и минометами на переправочных средствах, буксируемых полуглиссерами, должны были следовать с таким интервалом, чтобы прибыть к пунктам высадки через 15–20 минут после высадки предыдущих. Отряды паромов с артиллерией, гужевым автотранспортом и другой техникой должны были буксироваться к пунктам высадки катерами типа «ЗИС» только после получения сигнала о захвате плацдармов на берегу.
Для навигационного обеспечения перехода десантно-высадочных средств через лиман на восточном берегу были заблаговременно оборудованы ведущие створные цветные огни и на воде установлены специальные ограждения.