Вскоре из-за того, что ему не дали командовать Астрахано-Каспийской флотилией, (на что он рассчитывал) Ф.Ф. Раскольников вернуться на Каму. В ноябре 1918 года Ф.Ф. Раскольников фактически самовольно бросил Волжскую флотилию, отправившийся «за лаврами» на Балтику. Временно исполняющим обязанности (врио) командующего флотилией стал В.Н. Варваци.
Из воспоминаний бывшего матроса флотилии Г.Н. Корягина: ««После освобождения Казани штаб флотилии направил меня работать в закупочную комиссию для заготовки продовольствия. Мы получили задание закупить у крестьян большое количество зерна для обеспечения команд флотилии в зимний период. Начальник закупочной комиссии С.М. Лепетенко был снабжен пачкой денег. Мы даже не знали точно, какая у него сумма. Закупки комиссия проводила по селам расположенным по Волге и камее. Крестьяне не всегда охотно продавали хлеб. Приходилось проводить с ними митинги, разъяснять им, для чего нужно зерно. Пароход «Ломоносов» привез в Нижний Новгород 30 тысяч пудов хлеба». В том, что крестьяне на самом деле «охотно» отдавали зерно за обесцененные бумажные деньги, я глубоко сомневаюсь. Но Г.Н. Корягин, впрочем, сразу же честно поясняет, что после «матросских разъяснений» они всегда становились сговорчивее. Как бы то ни было, но хлебом флотилия себя обеспечила.
Большинство военморов флотилии зиму 1918–1919 годов и весну 1919 года провели в Нижнем Новгороде. При этом небольшая часть матросов была отправлена воевать на сухопутный фронт. Так, 30 декабря на Украину отправился бронепоезд № 10 в составе двух бронеплощадок с командой из сотни матросов.
В связи с тем, что к осени 1918 года важнейшим для обороны Советской России стал Южный фронт и Царицын, в сентябре на Волгу с Балтики были дополнительно посланы из Балтийского флота эскадренные миноносцы «Поражающий», «Расторопный», «Деятельный», «Дельный», а затем плавучая мастерская, четыре подводные лодки и другие корабли. Именно эти корабли, укомплектованные матросами-балтийцами, стали ядром военно-морских сил на Нижней Волге и Каспии. 21 сентября главный комиссар Балтийского флота Флеровский отправил через Москву в Нижний Новгород еще три сотни матросов-балтийцев и девять бывших офицеров, в т. ч. механика и артиллериста.
Всю зиму 1918–1919 года Волжская военная флотилия напряженно готовилась к будущим боям. Одновременно начальство, как могло, боролась с анархистами и бузотерами.
Совершенно независимо от Нижнего Новгорода в дельте Волги и северной части Каспийского моря был создана еще одна флотилия – Астраханская. Еще в январе 1918 года матросы организовали в Астрахани «Союз военных моряков», основной задачей которого являлась защита Советской власти в городе и Астраханском крае. При этом наиболее активной оказалась команда вооруженного ледокола «Каспий», которым в это время командовал старый волжский капитан А.П. Демидов.
Так в том же январе 1918 года «Каспий» предотвратил переправу через Волгу в Астрахань казачьего отряда, взломав на реке лед. Когда же казаки, отступая, захватили железнодорожный состав и пытались переправиться по мосту через проток Волги, «Каспий» подошел к мосту и обстрелял его. Белоказаки вынуждены были уйти в степи…
Вскоре обстановка на Нижней Волге и Каспии усложнилась. В конце марта националисты Дагестана, руководимые имамом Гацинским, захватили порт Петровск (ныне Махачкала). Критической была ситуация и в Баку.
В марте Астрахань была объявлена на военном положении. В городе создали военно-революционный комитет, куда вошли представители губисполкома, военного совета и союза военных моряков, который к этому времени был реорганизован и стал именоваться Военным флотом Астраханского края. В состав Военного флота вошли вооруженные пароходы «Аликпер», «Макаров I», «Астрахань», «Крейсер» и ледокол «Каспий».
Когда в апреле 1918 года Каспийская флотилия (базировавшаяся на Баку) перебросила экспедиционный отряд в район Петровска и в ряд других пунктов Дагестана, занятых бандами имама Гацинского, на помощь ей из Астрахани прибыло несколько судов, включая ледокол «Каспий». Высаженный на берег десант разгромил банды Гацинского и занял Петровск.