Участник установления Советской власти в Тобольске матрос П.Д. Хохряков сумел в 1918 году создать на Оби и Иртыше даже маленькую флотилию (около 30 катеров и пароходов). Поставив на них несколько пушек, П.Д. Хохряков провел даже несколько боев с белыми и повредил два-три их парохода. Однако просуществовав около двух месяцев флотилия, ввиду наступления войск Колчака, была ликвидирована.
Отряды матросов привлекались на восточном направлении и к подавлению восстаний внутри воинских частей РККА. Так 10–13 ноября 1918 года неподалеку от Балашова на станции Родничок рота из 250 матросов и артиллерийский взвод Особого полка военных моряков Балтийского флота подавили антисоветское выступление в Тамбовском полку.
В мае на Волге, Урале и в Сибири начался антисоветский мятеж растянувшихся через всю Сибирь частей 40-тысячного Чехословацкого корпуса. 29 мая чехи овладели Пензой, в начале июня вошли в Томск. 4–5 июня 1918 года неподалеку от Самары легионеры разбили советские части и обеспечили себе возможность переправы через Волгу. 4 июня под Самарой у железнодорожной станции Липяги моряки гидродивизиона пытались прорваться по Волге в Симбирск на плавбазе «Фельдмаршал Суворов». Однако железнодорожный мост, под которым предстояло пройти. Был уже захвачен белочехами и на нем стоял бронепоезд. Перестрелка показала безнадежность дуэли наскоро вооруженного парохода пассажирского судна с маневренным бронепоездом. В результате боя плавбаза села на мель и была брошена. Артиллерийским и пулеметным огнем с берега белочехи уничтожили свыше ста матросов. Лишь нескольким матросам удалось прорваться в Симбирск на катере «Фрам». Все самолеты гидродивизиона стали добычей чехов. При этом все офицеры дивизиона сразу же перешли на сторону белых.
Из воспоминаний чешского прапорщика М. Плеского: «Матросы, в большинстве своем с русского Балтийского флота, были не редкостью в Красной армии. Пожалуй, не было большевистской части, где бы ни служили матросы, и часто на видных, командных должностях. Матросы – ярые большевики – составляли основу карательных отрядов, подавлявших выступления населения против Советов. Матросы, в массе своей, были суровы и грубы, в бою отважны и упорны и часто являлись ядром и опорой тогдашних советских частей. Мы уже знали, что если красные обнаруживают упорство в бою, значит, среди них есть матросы. Так было в бою у станции Липяги. Матросы были опаснейшими врагами и дрались не на жизнь, а на смерть». Многих раненных матросов чехи безжалостно добивали штыками. «Из моряков и интернационалистов не был пощажен никто», – писал впоследствии в своих воспоминаниях один из легионеров. Впоследствии из остатков дивизиона был сформирован гидроотряд Волжской флотилии, в распоряжение которого было прислано четыре гидроаэроплана с Балтики.
На следующий день белочехи взяли Самару. В захваченной Самаре 8 июня было организовано первое антибольшевистское правительство – Комитет членов Учредительного собрания (Комуч), а 30 июня в Омске – Временное Сибирское правительство. 29 июня белочехи захватили власть во Владивостоке.10 июля добровольцы Народной армии Комуча подполковника Каппеля взяли повторно Сызрань, а чешские легионеры 15 июля захватили Кузнецк. 22 июля подразделение Каппеля пробилось через Бугульму к Симбирску и вместе с чехословаками пошла на Саратов и Казань. 25 июля на Урале полковник Войцеховский занял Екатеринбург. На востоке генерал Гайда 11 июля занял Иркутск, чуть позже – Читу.