Активное участие в летних и осенних оборонительных боях 1918 года принял 1-й экспедиционный отряд моряков Балтийского флота, сформированный в июле в Кронштадте. В его состав вошли матросы-добровольцы с линкоров «Гангут», «Петропавловск», «Полтава», «Севастополь», «Андрей Первозванный», «Республика», крейсеров «Громобой», «Россия», «Рюрик», Кронштадтской внутренней брандвахты и из 1-го Морского берегового отряда. После тяжелых боев с частями белых, около сотни матросов 1-го экспедиционного отряда, уже под началом матроса И.Н. Булкина (из 1-го Морского берегового отряда), продолжали боевые действия на пермском направлении. 21 августа они объединились со 2-м отрядом войск 3-й армии. Перед новым формированием была поставлена задача подавления эсеровского мятежа в Ижевске и Воткинске. Вдаваясь глубоко в тылы 2-й и 3-й армий, мятежный район создавал угрозу объединения восточной и северной группировкам противника, поэтому командование Красной армии привлекло к его ликвидации матросов, как наиболее стойкую воинскую часть.
Что касается 1-го Казанского социалистического батальона моряков военного флота, то в конце июля батальон передан в ведение Наркомата по морским делам и расформирован, а матросы были направлены на укомплектование судов Волжской военной флотилии.
В конце июля 1918 года из нескольких мелких матросских отрядов Западного участка отрядов завесы был сформирован Ревельский партизанский батальон матросов, в количестве 700 матросов, во главе с матросом А. Кутузовым. В начале августа батальон убыл из Рославля на Восточный фронт, где принимал участие в оборонительных боях.
Самым крупным сухопутным формированием Балтийского флота, отправленным в 1918 году на Восточный фронт, был 1-й морской Кронштадтский полк (более двух тысяч матросов). Трагической судьбе этого полка в нашей книге посвящена отдельная глава. 3 августа 1918 года против активных действий донских казаков в районе Поворино и с целью прикрытия правого фланга своих сил из Петрограда в Балашов был направлен сформированный из добровольцев 3-й экспедиционный отряд матросов Балтийского флота, во главе с матросом- комиссаром В.С. Пашориным. В конце августа на пополнение отряда было направлено еще сто балтийских матросов с четырьмя 75-мм орудиями. Этим отрядом командовал матрос Н. Дмитриев. 29 августа 1918 года под Пермь в город Частые прибыло из Петрограда 120 матросов, во главе с комиссаром 1-го экспедиционного отряда матросом Э.А. Вилкисом. Тогда же 2-й матросский отряд войск 3-й армии был переформирован в Отряд особого назначения под командованием матроса Ю.Ю. Ашюка (комиссаром был назначен матрос С.У. Дукачев) Перед соединением ставилась задача по подавлению мятежа, а также обеспечению стыков флангов 2-й и 3-й армий. Из входивших в соединение частей были созданы 1-й и 2-й Камские полки под командованием матросов И. Соболева и И.Н. Булкина. Кроме того, матросы также заняли многие командные должности, пополнили службы штабов и специальные подразделения. Как самостоятельное подразделение в состав Отряда особого назначения вошел и 1-й экспедиционный отряд, насчитывавший до 250 матросов, в командование которым вступил матрос с линкора «Республика» А. Макаров.
Весной 1918 года центром сосредоточения матросских отрядов на восточном направлении стала Самара. Еще в феврале 1918 года в Самару прибыла сразу несколько анархистских отрядов: 1-й матросский анархический отряд, Северный летучий отряд (командир матрос Смородинов), анархистский отряд матроса Ф. Попова, 3-й Северный отряд и несколько разрозненных групп матросов-анархистов. Часть отрядов прибыла для борьбы с казаками атамана А.И. Дутова, часть бежала на Волгу, бросив фронт, после неудачных боев с германскими войсками под Псковом и Нарвой.
Участник Гражданской войны В.А. Тимофеев в мемуарах «На незримом посту. Записки военного разведчика» упоминает матросский анархистский отряд «Черные орлы», воевавший с белыми на территории Самарской губернии. Практически все «черные орлы» впоследствии сложили свои головы в бою с белогвардейцами под Оренбургом у станции Дымка …
В марте 1918 года в Самару прибыл балтийский отряд гидроавиации. В отличие от остальных матросских отрядов, гидроавиаторы были настроены пробольшевистски. С первых дней они встали в открытую конфронтацию со своими коллегами-анархистами. Дело едва не дошло до перестрелки, когда 8 мая матросы-гидроавиаторы провели обыски в местных анархистских клубах и изъяли оружие.
В течение 1918 года продолжал действовать на Восточном фронте и матросский отряд мичмана С.Д. Павлова, ранее участвовавший в подавление мятежа атамана А.И. Дутова. Павлов помогал Блюхеру формировать его дивизию. Затем отряд матросов вошел в Левобережную группу войск 5-й армии Восточного фронта и вел наступательные бои от Казани до Бугульмы против войск Комуча.