Судя по тетрадям Джефферсона, большое влияние на него оказали исторические труды лорда Болингброка (1678-1751), содержавшие довольно утомительный рациональный анализ всех известных в то время религиозных и философских систем. Еще будучи студентом, Джефферсон прочитал все многотомное собрание этих трудов, о чем свидетельствуют его записи. Впоследствии он собрал одну из самых больших в Америке личных библиотек, которая послужила основой для современной Библиотеки Конгресса — Джефферсон продал около 6500 томов Конгрессу США, после того, как первая Библиотека была сожжена британскими солдатами во время войны в 1814 году. Прочитав одного только Болингброка, Джефферсон приобрел более широкие и глубокие познания, чем большинство современных американцев после многих лет учебы.
Если в детстве Джефферсон без всяких вопросов принимал христианский взгляд на мир, то в юности критические труды Болингброка и других авторов изменили его мировоззрение на всю оставшуюся жизнь. Если попытаться понять, каковы же были его взгляды на человека и мир, когда он писал эти знаменитые слова — становится ясно, что он не разделял религиозные убеждения первых поселенцев «века веры», а также своих многочисленных современников. В действительности Джефферсон отверг большинство этих взглядов и верований, скорее придерживаясь материалистического, естественнонаучного взгляда на мир. Он был деистом, то есть признавал Бога-творца, который однажды сотворил вселенную и установил «законы природы», но затем никак не вмешивается в земную жизнь. Вообще Джефферсон был склонен сводить всю религию к морали. Будучи ближе по духу к Дарвину (о чьих позднейших трудах он ничего не мог знать), Джефферсон установил бюсты Бэкона, Локка и Ньютона в своем особняке в Монтичелло, который теперь превратился в место паломничества для миллионов американцев. Это еще одно убедительное свидетельство его приверженности естественнонаучному взгляду на мир. Джефферсон отвергал большинство религиозных и метафизических идей как мифологические, при этом особенно недолюбливал Платона, св. Павла, Афанасия Великого и Кальвина. Он даже склонялся к тому, что эти идеи были намеренно сфабрикованы священниками и царями, чтобы манипулировать людьми и держать их в подчинении. Джефферсон полагал, что человек должен руководствоваться только собственным разумом.
Описанный Данте духовный мир не мог не выглядеть иллюзорным и непознаваемым для Джефферсона, который всю жизнь активно интересовался естественной наукой. Хотя по трудам Болингброка Джефферсон был знаком с такими понятиями, как божественное откровение, духовные иерархии и «эфирные» миры, он не мог всерьез принять их. Он верил в реальность и истины видимого мира, который можно познать рациональным умом (не случайно он установил в Монтичелло бюст Бэкона, а не Платона).
В сущности, отвергая великий духовный космос, Джефферсон целиком принял естественнонаучное мировоззрение. Его отношение к духовному космосу может проиллюстрировать такая небольшая цитата из Болингброка, выписанная им в тетрадь: