Как только путевые заметки «миссии в Борну» были опубликованы, немедленно вспыхнула с новой силой дискуссия вокруг все еще не разрешенной «проблемы Нигера». Клаппертон, а в какой-то степени и Денэм оказались в состоянии прямого конфликта с Барроу и «Quarterly Review». Этот журнал объявил предположение Денэма, что Чад не имеет стока, «недопустимым» и полностью отверг идею Клаппертона о впадении реки в Бенинский залив. Зато другой журнал, «Blackwood’s Edinburgh Magazine», обвинил в свою очередь «Quarterly Review» в «упрямом стремлении во что бы то ни стало сделать Нигер и Нил одной и той же рекой». Как он утверждал, открытия «миссии в Борну» доказывало, что Нигер может впадать лишь в Атлантический оке ан. Споры не прекращались, и разрешить их можно было, только отправив другую экспедицию на Нижний Нигер.
По прибытии в Англию Клаппертон доложил лорду Батерсту о переговорах с султаном Сокото. Министр тут же осведомился, не намерен ли новоиспеченный капитан флота возглавить другую экспедицию в Африку. Клаппертон согласился не раздумывая: желание немедленно вернуться на Нигер и во что бы то ни стало самому добиться окончательного ответа на вопрос: куда впадает Нигер? — было слишком сильно. И как раз здесь он, так сказать, заочно столкнулся с Лэнгом, отправлявшимся во вторую экспедицию в Западную Африку. Еще возвращаясь из первого путешествия, Клаппертон, будучи в Триполи, наотрез отказал Уоррингтону, настаивавшему, по указанию министра, чтобы он «изложил на бумаге все наиболее важные сведения, которыми он располагал и которые могли помочь исследованиям капитана Лэнга»; приезда этого путешественника тогда со дня на день ожидали в Триполи.
Но и в Лондоне в министерстве колоний от Клаппертона сразу же потребовали подготовить подробную справку для Лэнга. Чиновникам лорда Батерста нельзя было отказать в логике: капитан только что побывал в Сокото и, таким образом, находился ближе, чем кто-либо другой, к районам предстоящего следования Лэнга. Клаппертон продолжал упорствовать. Тогда в министерстве дали ему понять, что Батерст не намерен мириться с таким эгоистичным поведением. Однако Хью не без оснований считал Лэнга конкурентом, неожиданное вмешательство которого грозило лишить его самого славы открытия Нигера: он был теперь уверен, что река впадает в Бенинский залив.
Сдавшись, Клаппертон написал Лэнгу письмо, содержавшее полезные, но для данного случая довольно общие сведения, без учета того, что соперник сам имел достаточный опыт путешествий по Африке. Письмо было немедленно переправлено Лэнгу, который уже выехал из Триполи и находился в Бени Улиде. Тот, зная об отказе Клаппертона консулу, отнесся к сведениям, содержавшимся в письме, весьма скептически. Тем не менее надо отдать должное Клаппертону, который после перечисления довольно общих истин о том, как должен себя вести человек, путешествующий по странам Африки, прямо советовал: «Если Лэнг, дойдя до Томбукту, сможет затем спуститься вниз по Нигеру до Яури или Нупе, то на тот случай ему следует запастись рекомендательным письмом к Мухаммеду Белло, фульбскому султану, который окажет путешественнику необходимую помощь и содействие для продолжения пути».
Капитан Клаппертон не ошибался относительно дальнейших планов британского правительства и своего в них участия. Ободренная приемом, который был оказан Клаппертону, Англия не желала упускать представившуюся возможность установить отношения с могущественными правителями на севере Нижнего Нигера и расширить торговые связи. Торговля, которую англичане могли бы вести на Нижнем Нигере, закупая слоновую кость, индиго, шкуры, а также пальмовое масло, зависит от судоходности рек, впадающих в Бенинский залив и вытекающих из глубинных районов. Так считали и Клаппертон, и Денэм. Султан Белло в разговорах с гостем также предлагал использовать путь не через Сахару, а с Бенинского залива. Как он утверждал и как сообщал Клаппертон в письме 6 июня 1825 года, от побережья десять дней пути до Раки и двенадцать — до Сокото.
В британском правительстве, находившемся под сильным впечатлением достижений «миссии в Борну», в кратчайшие сроки был разработан план повой экспедиции, на сей раз — с южного направления. Клаппертону предстояло отправиться в путь из Бадагри (неподалеку от Лагоса) к Бусе, затем проследовать на север во владения султана Белло; с ним Англия была готова заключить торговое соглашение на условиях, которые уже обсуждались в предыдущее путешествие.
Так и случилось, что спустя три месяца после прибытия из первого путешествия Клаппертон уже вновь находился на пути к Гвинейскому побережью.