Во время антирелигиозной кампании сразу происходит коллизия. Епископ категорически выступает против закрытия храмов. В его епархии не удалось закрыть ни одного храма. Мало того, Владыка сумел, по существу, построить новый храм, расширив очень скромный кафедральный собор Ташкента. Местные власти ополчились на него по всем правилам хрущевского искусства. В местных газетах появились разгромные статьи, направленные против Владыки, где обычная ругань соединялась с беспардонной клеветой. Однако запугать епископа не удалось. Он направил в газету опровержение, а когда его не напечатали, подал на редакцию в суд за клевету (единственный случай в те годы). Дело замяли, причем местные власти порядком струхнули, и редактор газеты явился лично к Преосвященному (случай небывалый) с объяснением. Объяснение тоже характерное: «Что вы хотите, Владыко, наша задача сейчас во что бы то ни стало отвлечь народ от религии».
Мало того, дело дошло до Хрущева, который изрек: «Не трогайте его. Он колючий старик».
Владыку, однако, отправили на покой, но вскоре назначили его на Омскую кафедру, а в 1969 году оттуда на кафедру Калужскую. Деятельность архиепископа Ермогена показывает, что при наличии смелости возможно было противостояние власти и в те времена.
В народе же личность архиепископа завоевала всеобщее уважение. По общему мнению, его поведение является образом для будущего Патриарха. Это мнение проникло даже в непосредственное окружение Святейшего. Одна престарелая монахиня, которая прислуживала Патриарху, неоднократно ему говорила: «Ваше Святейшество, будете писать завещание, завещайте избрать после вас Владыку Ермогена». Святейший отмалчивался. И лишь раз сказал: «Отстань от меня со своим Ермогеном». Но Владыку Ермогена любил и уважал. И будь его воля, вероятно, последовал бы совету монахини.
Другие архиереи, которые проявляли относительную независимость по отношению к власти, были бывшие эмигранты.
Среди них на первом месте следует поставить Высокопреосвященного Митрополита Нестора (Анисимова). Это был архиерей с очень своеобразной биографией. Он родился в 1883 году в городе Вятке в семье небольшого военного чиновника. Затем Николай Александрович Анисимов (мирское имя Владыки) переезжает с семьей отца в Казань, и здесь происходит его знакомство с архимандритом Андреем Ухтомским (впоследствии архиепископом Уфимским), с одним из интереснейших и талантливейших иерархов, каких имела Русская церковь. Архимандрит Андрей тогда заведовал Духовной миссией среди инородцев. Сам человек не кастовый, не из духовного звания (в миру князь Ухтомский), он охотно сближался с религиозными людьми из мирян. Его сразу заинтересовал интеллигентный юноша из дворян. И он стал готовить его к монашеству и к миссионерской деятельности.
Далее произошел случай, о котором очень красочно рассказывает Владыка в своих, к сожалению, неопубликованных, ходящих в самиздате, воспоминаниях.
Однажды архимандрит получает огромный пакет, запечатанный сургучной печатью. Обратный адрес: Камчатка. Коля заинтересован: «Смотрите, отец архимандрит, откуда пакет — с Камчатки».
Отец Андрей вскрывает пакет. И вдруг неожиданность. «Да, с Камчатки. Просят туда миссионера. Знаешь, что, ты туда поедешь». Так оказалось, что в этом пакете была судьба будущего Митрополита.
Отец Андрей вскоре постригает Николая Анисимова в монахи с именем Нестора. А затем рукоположенный в священный сан молодой иеромонах Нестор едет на далекий, полуфантастический полуостров.
Многообразная, долголетняя деятельность среди камчадалов, тогда совершенных дикарей. Потом приезд в Петербург. Доклад в Обществе духовного просвещения в духе православной церкви на Стремянной улице. Приходят слушать его рассказ о далеком, почти сказочном полуострове Митрополит Петербургский Антоний, многие архиереи, представители общественности. Широкие отклики в прессе. Высочайшая аудиенция у царя и царицы в Царскосельском дворце. Отец Нестор представляет проект организации Общества помощи Камчатке под покровительством малолетнего Наследника Цесаревича. В течение двух часов обсуждаются устав общества и значок общества. Но дело проваливают в Синоде. Обер-прокурор Лукьянов. Дело спасла Императрица Мария Федоровна, которая приняла иеромонаха в Аничковом дворце. Выслушала его рассказ о том, как его проект, уже утвержденный государем, был провален в Синоде и государь согласился с этим. Покачала головой, продекламировала своим низким контральто лермонтовский стих: «Все это было бы смешно, когда бы не было так грустно».
Тут же позвонила в Царское государю. Проект был спасен.
Далее Владивосток. Непосредственный начальник отца Нестора преосвященный Евсевий, архиепископ Дальневосточный, умерший в 1919 году в Москве в сане Митрополита Крутицкого.