В июле 1918 года о. Алексей приезжает в отпуск к родителям в город Шенкурск. Но приехав туда, он оказался за линией фронта. Шла Гражданская война. Чтобы иметь хоть какие-нибудь средства к сосуществованию, он вынужден был устроиться на работу, и с августа 1918 года он был зачислен на должность делопроизводителя и библиотекаря в Шенкурскую городскую гимназию (впоследствии советская школа 2-ой ступени), где проработал до марта 1919 года.
С пятого марта того же года Алексей Николаевич – добровольный санитар и делопроизводитель в полевом запасном госпитале № 769 им. Володарского в г. Шенкурске. С октября 1920 года – делопроизводитель отдела личного состава Беломорского окружного военно-санитарного Управления («БОВСУ») в г. Архангельске. С 15 мая 1921 года – делопроизводитель Архангельского военного госпиталя.
12 августа 1921 года о. Алексей подаёт прошение Его Преосвященству Антонию, Епископу Архангельскому и Холмогорскому о назначении его на вакантное место священника Артемьевского прихода Шенкурского уезда. Прошение было удовлетворено, и с 17 августа о. Алексей определён в Артемьевский приход.
С марта 1924 года о. Алексей – священник Репановского прихода.
В феврале 1926 года возродилась группа верующих тихоновского толка в Емецком приходе. В июле того же года группа захватила приходские храмы, избрала новый совет, пригласила о. Алексея вместо изгнанного обновленца Михаила Смирнова.
В 1929 году «за принудительный сбор продуктов у населения» осуждён на три месяца принудительных работ. За отказ от выполнения принудительных работ оштрафован на 200 руб.
С апреля 1930 года до 27 сентября 1937 года – священник Зачаческого прихода Емецкого района.
В 1930 году, были арестованы священники: Зачаческого прихода Пётр Кремлёв и Хаврогорского прихода Леонид Колосов.
Семьи арестованных священников оказались на улице, так как дома были отобраны, и Алексей Николаевич оказывает им посильную помощь.
26 сентября 1937 года Попов Алексей Николаевич был арестован за контрреволюционную работу, направленную на срыв мероприятий, проводимых по району.
Ему было предъявлено обвинение по восьми пунктам:
1) в июне 1937 года в поле собрал группу учеников (около 15 человек) и вёл с ними беседу на религиозную тему;
2) в 1937 году, будучи в гостях у колхозницы …….. и касаясь колхозной жизни, заявил: «Колхозники все голодают и будут голодать, а вот единоличники – те живут с хлебом»;
3) в декабре 1936 года в частной беседе среди колхозников говорил: «Жить плохо, православные, ничего нигде нет, раньше жили лучше, если бы война, тогда бы всё переменилось, лучше будет вам и религии»;
4) Попов имеет связь с архиереем из Архангельска, проживающем в Ленинграде. Оба являются контрреволюционерами и расхитителями социалистической собственности;
5) в декабре 1936 года собрал в доме колхозника собрание, на котором присутствовали верующие колхозники, и вёл с ними разговор. Заявлял: «Надо уговаривать колхозников, чтобы они выписывались из колхозов и не ходили на лесоразработки, этим мы больше их приблизим к церкви»;
6) Попов с целью больше завоевать авторитет церкви через своих людей пустил слух о чуде, использовал для этого умалишённую, что она поднималась на небо;
7) после обнародования Сталинской конституции Попов начал в открытую выступать против советской власти. Главная ставка его была на молодёжь и среди тех же колхозников – верующих говорил: «Теперь никто не имеет права вмешиваться в наши дела, потому что по новой конституции предоставлена полная свобода, надо сейчас все церкви открыть и восстановить богослужение»;
8) Поп Попов (так в источнике – Н. У.) часто посещает бывших белогвардейцев, милиционеров ……… монахов …….. и церковный актив из колхозников.
Выписка из протокола: «восьмого октября 1937 года заключить в исправтрудлагерь на 10 лет. Считать срок с 26 сентября 1937 года».
Алексей Николаевич Попов был этапирован в Локчимлаг НКВД (Коми АССР), по сведению УМВД России по Архангельской области.
Отбывал наказание в Локчимлаге и Устьвымлаге.
В 1943 году Сталин заключил соглашение с Русской православной церковью. В СССР разрешают открывать церкви.
Алексей Николаевич после освобождения в августе 1943 года приезжает в Архангельск и работает в военном госпитале фельдшером.
В 1944 году началось восстановление Архангельской епархии, епископом Архангельским и Холмогорским был назначен Леонтий.
О. Алексей продолжил служит в приходах Архангельской области.
С первого апреля 1945 года Преосвященным Леонтием, Епископом Архангельским и Холмогорским назначен настоятелем Лазаревского храма г. Онеги.
С ноября 1947 года – 2-ой священник Всехсвятской церкви г. Архангельска.
С седьмого июля 1948 года согласно прошению переведён на должность настоятеля Сергиевского молитвенного дома с. Ширша.
Алексей Николаевич
1949 год