1905 год. Вся Россия охвачена революционными выступлениями. В училище, где учится Вася, тоже происходит бунт с битьём стёкол. 12 марта Вася пишет родителям: «Сегодня ночью в 12 часов у нас в училище был бунт; выбили 16 стёкол, испортили медный питейник и кое-чего ещё поломали. Всего ещё я не слышал. Надзиратели не смели выйти из надзирательской и водворить порядок. Швейцара закрыли в швейцарской на замок. Главные затейщики из второго класса. Бунт произошёл из-за надзирателя и из-за худой пищи». И далее: «Я никакого участия в бунтах не принимал и принимать не буду».
По окончании училища в 1905 году Василий поступает в Архангельскую духовную семинарию. Живёт он у дяди, настоятеля Воскресенского храма Михаила Ивановича Попова, по адресу: улица Воскресенская, дом 2. Вместе с ним учится двоюродный брат Иван Попов, сын Михаила Ивановича.
В письме родным от 18 октября 1905 года пятнадцатилетний семинарист рассказывает о событиях, происходивших в Архангельске в этот день: «Сегодня получена телеграмма – манифест о свободе слова, печати и убеждений. Когда я шёл вместе с Ваней из семинарии, мы встретили большую толпу народа с красными флагами. Я с Ваней обошёл по рынку, и мы благополучно пришли домой. Толпа эта ходила (как говорят) до семинарии и вернулась к дому губернатора. Тут собралось чуть ли не до пяти тысяч и начали рвать национальные флаги, оставляя только красные полосы, выломали двери в гимназии и ломали стёкла. Все магазины, лавки и пекарни велели закрыть. На Сурковском заводе остановили машину, в Губернской типографии разогнали рабочих, и потому за 19 окт. газеты нет. В толпе были техники, гимназисты, гимназистки, семинаристы, духовники (ученики духовного училища) и масса рабочих. Хотят бастовать все три дня. Ещё и до сего времени (10 час.) ходят по Троиц-кому и кричат».
Окончив в 1911 году семинарию по первому разряду, что давало право зачисления в студенты, Василий и его двоюродный брат Иван Попов едут в Санкт-Петербург. Иван поступает в Духовную академию, а Василий – в «светский» институт. По сведениям из письма Василия можно заключить, что это был организованный в 1908 году В. М. Бехтеревым Психоневрологический институт – высшее медико-педагогическое учебное заведение для подготовки врачей, учителей и юристов. Первые два года все студенты института обучались на основном факультете, получая философское образование. Василий учится в институте и зарабатывает на жизнь, переписывая отчёты о заседаниях Государственной Думы: «За писание отчётов о заседаниях Думы я каждый раз получаю (зарабатываю) от 5 до 10 рублей, а посему мне нежелательно «упускать из рук такой выгодной статьи». Кроме того, он сотрудничает в газете «Колокол» (ежедневная газета по вопросам церковной, общественной и народной жизни), получая по «три копейки с полной строчки».
В письмах домой Василий подробно рассказывает о том, что пережил и где побывал. Первого декабря 1911 года он пишет родным: «Да, в Питере жить – можно много чего видеть и слышать великого и художественного. И всё это благодаря Вам, дорогие мои родители. Спасибо за всё!»
Круг общения, сферу интересов и образ жизни Василия Попова и в Петербурге определила та среда, в которой он родился и вырос. Он посещает концерты духовной музыки, торжественные службы в различных храмах Петербурга и в Свято-Владимирской православной школе, близко видел митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Антония, архиепископа Антония Волынского (Храповицкого) и других иерархов Церкви, обер-прокурора Синода В. К. Саблера, вдову К. П. Победоносцева Екатерину Александровну – попечительницу Свято-Владимирской православной школы для девочек. Уже при первой встрече с юношей высокопреосвященный Антоний Волынский (в 1917 году – один из трёх кандидатов на Патриарший престол, а впоследствии – глава Русской Православной Церкви за границей) посоветовал ему «на следующий же год переходить в Духовную академию».
Поначалу переходить из института ни в какое другое учебное заведение Василий не думает, о чём и сообщает в письме, отвечая на вопрос отца («Институтом пока вполне доволен»), однако весной, как видно из его писем, он начинает усиленно заниматься богословскими науками. Проучившись в институте год, в 1912 году Василий переходит на учёбу в Санкт-Петербургскую Духовную академию.
Третьего марта 1913 года он присутствовал на службе в Исаакиевском соборе, которую проводил Патриарх Антиохийский Григорий IV, находившийся в это время в России по случаю празднования 300-летия Дома Романовых. Василий пишет родным: «Народу было так много, что громадный Исаакиевский собор не мог вместить всех желающих, и вокруг собора стояли толпы. Служил Григорий IV весьма величаво и торжественно». Во время запричастного Василий успел получить в алтаре благословение Антиохийского Патриарха.