На собрании духовенства 3-го благочиния Холмогорского уезда, проходившем шестого февраля 1895 года в Хаврогорском приходе, иерей Николай Попов был избран духовником этого благочиния и членом благочиннического совета и указом Консистории от 12 февраля 1895 года о. Николай по 3-му и 4-му благочиниям Холмогорского уезда состоял духовником и членом благочиннического совета.
В то же время на плечи священника легли работы по завершению строительства, начатого ещё при отце Иоанне, приходского каменного храма во имя великомученика Димитрия Солунского, заложенного в июле 1888 года на месте сгоревшего в 1884 году одноимённого деревянного храма. Главным организатором и благотворителем постройки был петербургский II гильдии купец, выходец из Зачаческого прихода Пётр Алексеевич Некрасов. Всё строительство обошлось в сумму около 20000 рублей.
Освящение церкви, которое совершил Преосвященный Никанор (Каменский), епископ Архангельский и Холмогорский, состоялось 10 июля 1895 года. Это событие – освящение храма архиерейским чином – довольно редкое явление в то время в северной глубинке. Оно привлекло множество богомольцев из близлежащих деревень. В дневнике отца Николая читаем: «1895 год, 10 июля. Понедельник. Раннюю «литургию» – в Никольской церкви. В восемь часов водосвятный «молебен» – я. Ожидание! Владыка прибыл в 10 часов. Встреча и речь. В половине 12-го кончилось освящение. Мощи святых несли в дождь. Обедня кончилась в два часа. Владыка говорил речь. На малом входе владыка наградил скуфьей (два поклона ему в ноги) и сказал: «За ревность по благоустроению храма и за поучение паствы награждаю скуфьей», и «Аксиос!» трижды пели певчие. Сам и надел. Слава Богу за всё!».
Не ограничивался о. Николай возведением только материальных стен. Главной задачей считал заботу о духовном состоянии пасомых. Первым делом обратил внимание на пьянство в селе, которое стал преследовать частыми поучениями с амвона и разными советами и (увещеваниями) вне храма.
Губернским Комитетом народной трезвости о. Николай неоднократно назначается на должность «участкового попечителя о народной трезвости по Зачаческой волости». Вскоре по решению сельского схода, а самое главное – при деятельном участии Архангельского губернатора Энгельгарда отцу Николаю с января 1896 года удалось закрыть трактир в Зачачье. Закрытие трактира вызвало недовольство со стороны крестьянина Павла Афанасьевича Патокина, владельца этого питейного заведения.
Шестого мая 1901 года за ревностную службу по ведомству Министерства Народного Просвещения батюшка удостаивается права ношения камилавки, а в 1905 году награждается наперсным крестом.
Николай Иванович Попов
В 1902 году о. Николай ставит перед зачаческими прихожанами вопрос о ремонте приходского деревянного Никольского храма. Храм этот был построен в 1686–1687 годах, и к началу XX века здание пришло в ветхое состояние – купол сильно наклонился к северу и грозил обрушением. Но ремонтные работы задерживались главным образом нехваткой средств. И только благодаря пастырской деятельности отца Николая, его энергии удалось воодушевить и объединить простых людей – приходских крестьян – и людей купеческого сословия выходцев из Зачаческого прихода, проживающих в Санкт-Петербурге (см. историческую часть).
Николай Иванович Попов 1906 г.
18–19 июня 1903 года в Сарове состоялись торжества по случаю канонизации преподобного Серафима Саровского. В Зачачье 10 августа 1903 года служили первый молебен святому преподобному Серафиму: «1903 год август, 10. Воскресенье. До десяти тридцати в церкви. Пели «Херувимскую» № 4 Бортянского, «Милость мира», задостойник и «Не имамы иныя помощи». Читал я о торжествах 18–19 июля в Сарове и молебен прп. Серафиму, к мощам прп. Серафима пели новый тропарь». В сентябре 1903 года сыновья отца Николая Попова – Алексей и Александр – совершили паломничество к мощам прп. Серафима. В Сарове они пробыли три дня, с 10 по 12 сентября.
Сподобил Господь отца Николая 10 июня 1904 года сослужить за литургией Иоанну Кронштадтскому в Воскресенской церкви г. Архангельска. «Служил с о. Иоанном Кронштадтским в Воскресенской церкви. Пели очень хорошо. На чай к брату Михаилу», всё прекрасно, слава Богу».
В июне 1909 года о. Николай с сыновьями Алексеем и Василием совершил паломничество в Веркольский монастырь и Суру. Он описывает это событие в своём дневнике:
«1909 год. Июнь, 13. В Пинегу прибыли во втором часу. Стояли долго. Отправились уже в семь часов вечера. Ходил в лавку к Володиным и был у заштатного протоиерея Иоанна Карасова. Место широкое у Пинеги – острова, то же и у Карповой горы (120 верст от Пинеги), река на юг пошла.
Июнь, 14. Воскресенье. Шли с частыми остановками. Пассажиров очень мало с плотов. О. Зосима выходил в Пиринемском под церковью к обедне в 10-м часу.