Ибо, объяснял С.В.Бахрушин, академики, «недолюбливающие его за наушничество Шумахеру, провалили Миллера «по пристрастию», и потребовалось вмешательство самого президента; фактически он стал профессором по назначению, а не по выборам». Недавно Н.П. Копанева также подчеркнула, что в профессоры Миллер «был произведен указом президента Академии Л.Л. Блюментроста по протекции Шумахера, в обход мнения академиков» (Ломоносов в 1758-1759 и 1764 гг. объяснял, как Шумахер, «будучи в науках скуден и оставив вовсе упражнение в оных...», стал возвышаться за счет поисков «себе большей поверенности» у первого президента Академии наук Блюментроста «и у других при дворе приватными прислугами, на что уже и надеясь, поступал с профессорами не таким образом, как бы должно было ему оказывать себя перед людьми, толь учеными и в рассуждении наук великими...». И усмотрел, что Миллер, «как еще молодой студент и недалекой в науках надежды, примется охотно за одно с ним ремесло в надежде скорейшего получения чести, в чем Шумахер и не обманулся, ибо сей студент, ходя по профессорам, переносил друг про друга оскорбительные вести и тем привел их в немалые ссоры, которым их несогласием Шумахер весьма пользовался, представляя их у президента смешными и неугомонными». А Миллеру в профессорстве академики отказали, «для того ли что признали его недостойным, или что он их много обидел, или и обое купно было тому причиною. Однако в рассуждении сего мнение их не уважено, затем что Шумахеровым представлением Миллер был от Блументроста произведен с прочими в профессоры»), И к непосредственному изучению русской истории профессор Миллер приступил лишь в 1731 г., когда окончательно расстроились его планы сделаться родственником Шумахера. «Тогда, - вспоминал Миллер свой конфликт с ним в августе названного года, - у меня исчезла надежда сделаться его зятем и наследником его должности. Я счел нужным проложить другой ученой путь - это была русская история, которую я вознамерился не только сам прилежно изучать, но и сделать известною другим в сочинениях по лучшим источникам. Смелое предприятие! Я еще ничего не сделал в этой области и был еще не совсем опытен в русском языке, однако полагался на мои литературные познания и на мое знакомство с теми из находившихся в академической библиотеке книгами и рукописями, которые я учился переводить при помощи переводчика. Г. Байер, объяснявший древнюю русскую историю и географию из греческих и северных писателей, подкреплял меня в этом предприятии. Его намерение было, чтобы я ему помогал в составлении статей и в предварительной обработке, когда бы мне удалось изучить русский язык, в чем он не сомневался, потому что я был молод и деятелен» (как заметил П.Н. Милюков, «"предприятие" заняться русскою историей было вызвано у Миллера не столько учеными, сколько практическими соображениями»).
Но чтобы стать профессионалом в столь действительно «смелом предприятии» как изучение русской истории иностранцем, начинавшим это дело с абсолютного нуля и при этом практически не знавшим русского языка и совершенно не знавшим древнерусского языка, что закрывало доступ к самым важным источникам - летописям, да еще учитывая необработанность тогда истории России, нужны, разумеется, десятилетия самых усидчивых занятий (Миллер в 1760 г. вспоминал, что в 1732 г. «не был в состоянии сам читать русские сочинения, а должен был прибегать к переводчику». Язык летописей ученый плохо понимал и много лет спустя. Так, приводит этот факт Г.Н. Моисеева, «уезжая из Санкт-Петербурга в Москву в начале 1765 года, он потребовал ряд рукописей из Библиотеки Петербургской Академии наук и двух переводчиков. В рукописях ему было отказано, а переводчиком был послан С.Волков»).
И в этих занятиях академик Миллер, что прямо говорит о понимании им задач, стоящих перед историком, долгое время скользил по самой поверхности русской истории, нисколько не проникая внутрь, ибо всю свою работу над ней он свел в основном к составлению родословных таблиц. Как отмечено им в автобиографии, «и прежде и после Сибирского моего путешествия трудился я много в сочинениях родословных таблиц для российской истории...». А что собой представляли эти таблицы, видно из слов Ломоносова, что Миллер «вместо самого общего государственного исторического дела, больше упражнялся в сочинении родословных таблиц в угождение приватным знатным особам». Чем, подчеркивал то же самое в 1937 г. С.В.Бахрушин, несмотря на все свое расположение к Миллеру в разговоре о нем и его, по характеристике исследователя, «враге» Ломоносове, «умел льстить родословной гордыне старой знати, был всегда к услугам, когда нужна была генеалогическая справка...».