С другой стороны утверждалось, что Академия приняла его труд «История Сибири» сухо, ибо «подробности в изложении событий, обилие приведенных источников и относительная объективность чужеземца-историка не удовлетворяли ни академическое начальство, ни академиков», что он «пережил большую неприятность» из-за речи-диссертации, что «Ломоносов и другие из "русской партии" травили его как немца», что в ходе дискуссии «Попов никаких научных доказательств не привел, кроме обвинения в бесчестии русского народа» (кстати сказать, Н.И. Попов, отрицая существование в Скандинавии народа русь, утверждал, что варяги-россы жили у Херсонеса Таврического), что после одной ссоры со своим «главным врагом» Ломоносовым «Миллер был даже разжалован в адъюнкты (в 1750 г.), и чтобы восстановить свое прежнее положение вынужден был написать письмо президенту о прощении», что его понятия об объективности историка - быть «верным истине, беспристрастным и скромным», быть как бы «без отечества, без веры, без государя» - «шли в разрез с тем, что требовалось от историка как представителями господствующего тогда класса, так и учеными из среды Академии, отстаивавшими национальную гордость русского народа (напр. Ломоносов). Приведенные Миллером источники иногда вскрывали темные стороны русского государства, его деятелей; беспристрастный и ровный тон историка-чужестранца не соответствовал тому патриотическому пафосу и идеализации, каковые считались необходимостью в изображении истории русского государства», и что как принимались исторические труды Миллера можно судить по обсуждению его речи-диссертации «О происхождении имени и народа российского» (по сути, излагая мысли С.М.Соловьева и лишь облачив их в риторику своей эпохи, Князев не принял только его тезис о робости и застенчивости Миллера, отмечая, что у него «были не только враги, но и сильные друзья, поддерживающие его, заботящиеся о нем... Он пользовался покровительством Екатерины II, ценившей его труды и много раз беседовавшей с ним»)[103].
Мощный импульс симпатии к Миллеру и насторожено-негативного отношения к Ломоносову был дан выходом в 1937 г. «Истории Сибири» Миллера. А как к этим историкам и их творчеству надлежало относиться, очень четко объяснили в своих обширных статьях, предваряющих издание, С.В. Бахрушин («Г.Ф. Миллер как историк Сибири») и А.И.Андреев («Труды ЕФ. Миллера о Сибири»), Так, Бахрушин не сомневался, что Миллер «недостаточно оценен в нашей специальной литературе» и что «его значение в русской историографии очень крупное», свидетельством чего является прежде всего его основное исследование «История Сибири» - «первый опыт научного исторического труда». При этом автор подчеркивал, что именно за время пребывания Миллера в Сибири «выработались его научные методы, его приемы работы над источниками, его принципиальные взгляды на задачи и приемы исторического исследования», что из экспедиции он «вернулся уже выдающимся специалистом не только в области истории, но и географии и этнографии», ученым «европейского масштаба», что после этого он пролагал «новые пути в дебрях феодальной науки» и что в нашей историографии он первым «поставил вопрос о подлинно научном издании исторических памятников», требуя вместе с тем очень пунктуального их воспроизведения, являясь, таким образом, «проводником новых, строго научных методов, которые лишь не очень скоро были восприняты русской наукой».
Хотя Миллер, говорил далее Бахрушин, «не может идти в сравнение с знаменитым создателем методики научной исторической критики, но у него мы найдем в основном все те приемы критического обследования источников, которые впоследствии были так блестяще обобщены в стройную систему Шлецером». В связи с чем он, обладая «критической осторожностью», резко порвал «с теми лженаучными исследовательскими приемами, которые господствовали в феодальной историографии», не желая, за неимением основательных доказательств, изъяснять в ложном свете древности народов. Но когда ученый в 1749 г. «попробовал приложить свои революционные критические методы к изучению древнейшей русской истории» - а «все это было ново и смело», то ему дали понять, а в этих словах Бахрушин недвусмысленно выразил свое отношение к «бдительным зоилам» Миллера, в том числе и Ломоносову, хотя имя его и не названо, насколько это политически опасно, ибо разрушало «мнения, столько стоившие сочинителям, работавшим для прославления нации». После чего он, обвиненный в политическом выпаде против России, «подвергся серьезным репрессалиям и был переведен с должности профессора на должность адъюнкта».