Отпор, полученный в гетто, стал неожиданностью для немцев. Облава превратилась в серьезную боевую операцию, к которой Заммерн и его люди не были готовы. К вечеру 21 января он прервал «акцию» и, объявив о своей победе, вывел войска из гетто. Командующий Варшавским округом ГЛ Болеслав Ковальский — «Ришард» объявил накануне боевую тревогу в гетто. Ударные группы ГЛ собирались вступить в бой, но не успели из-за прекращения военных действий.
Январская оборона подняла авторитет ЖОБ. События убедили людей, что с немцами можно сражаться, что их можно заставить отступить. Польское подполье охватил энтузиазм. Нелегальная печать тиражировала преувеличенные слухи о сотнях убитых немцев, о подбитых танках.
Главное командование АК под нажимом общественного мнения, Еврейского отдела при Главном командовании АК, Бюро пропаганды и информации АК и таких организаций, как Совет помощи евреям, «Серые шеренги», «Кедив», все более склонялось к действенному сотрудничеству с антифашистами гетто. «Информационный бюллетень» АК писал, что «эхо выстрелов и взрывов, которое разлетелось в середине января в Варшавском гетто, нашло отзвук по всей Польше. Польское общество с признательностью встретило это доказательство решимости и мужественной воли к сопротивлению». Январские бои убедили командующего АК генерала Стефана Ровецкого — «Грота» и командующего Варшавским округом АК полковника Антони Хрущцеля — «Монтера» в том, что оружие, переданное евреям, не останется неиспользованным. В феврале 1943 г. «Грот» отдал приказ по всей стране оказывать помощь жителям гетто в вооруженном сопротивлении немцам. В провинции, впрочем, командиры АК, как правило, саботировали это распоряжение. Да и в самой Варшаве офицеры АК не стеснялись говорить боевикам ЖОБ в глаза, что помогают им скрепя сердце только из политических соображений. Об этом докладывал референт по еврейским делам при Главном командовании АК Генрик Волиньский — «Закшевский»: «Евреи мне говорили не раз, что офицеры Конара (Хрущцеля — «Монтера". —
Антисемиты старались взбунтовать наиболее отсталую часть солдатской массы АК против «юдофильской» политики ее руководства. Орган крайне правой организации «Меч и плуг» «Политика» выступил против «попыток еврейской пропаганды» вызвать ради спасения остатков гетто польское восстание, которое отвлекло бы внимание немцев от еврейской проблемы и могло бы «стать началом немецко-еврейского сближения (!)».
В ходе январских боев ЖОБ потеряла много людей. (В январе 1943 г. в Варшавском гетто был застрелен 1171 человек против 65 человек в декабре 1942 г. и 118 в феврале 1943 г. Цифру в 1000 убитых во время январской «акции» дает и Рингельблюм.) Из 50 боевых групп ЖОБ уцелело лишь 22. Среди погибших были Ицхок Гитерман и участник покушения на Лейкина 29 октября 1942 г. Элиаш Ружаньский. Однако, несмотря на большие потери, боевая организация стала фактическим хозяином в гетто. Теперь можно было практически беспрепятственно готовить территорию к новой обороне — создавать укрепленные позиции, склады, укрытия, минировать отдельные участки. Появилась возможность заняться кардинальной очисткой гетто от коллаборационистов и предателей.
Массовый характер приобрело строительство подземных укрытий («бункеров»), начавшееся еще с середины 1942 г. (Тогда это делалось под предлогом создания бомбоубежищ ввиду участившихся воздушных налетов на глубокие немецкие тылы.) По ночам гетто наполняли звуки пил, стук молотков и кирок. Повсюду откачивали воду, свозили кирпичи. «Неистово рыли штольни, — вспоминает член ЖОБ Божиковский. — Днем евреи собирали в развалинах домов доски, камни и другой строительный материал, ночью же шла стройка. По мере наших сил, способностей и находчивости мы создавали бункеры максимально возможной прочности и в то же время с известным комфортом. Нам приходилось рыть как можно глубже и хорошо маскировать вход. Большинство бункеров имело по нескольку выходов, чтобы можно было ускользнуть, если немцы откроют один из них».
В течение нескольких месяцев вырос настоящий подземный город, о подлинных размерах которого немцы не имели даже отдаленного представления. Отдельные помещения соединялись подземными и наземными (через стены, чердаки, крыши) ходами, получившими ироническое наименование «еврейской автострады спасения». Эти коммуникации связывали между собой и разные районы гетто, которые гитлеровцы после «акции» 1942 г. старались изолировать друг от друга. Важное значение имели тоннели на «арийскую сторону».