Из Москвы в Углич для разбора дела отправилось целое «посольство», возглавляемое митрополитом Сарским и Подонским Геласием, боярином князем Василием Ивановичем Шуйским, окольничим Андреем Петровичем Клешниным и дьяком Елизарием Вылузгиным. Состав следственной комиссии показывает, что она представляла как освященный собор в лице первого по значению митрополита Русской церкви, так и Боярскую думу. Представительство Боярской думы оказалось, впрочем, замысловатым, потому что боярину князю Василию Шуйскому пришлось вести следствие вместе с близким клевретом Бориса Годунова окольничим Андреем Клешниным, находясь тем самым под весьма недоброжелательным присмотром. Однако назначение в состав следственной комиссии окольничего Андрея Клешнина оправдывалось тем уже упоминавшимся обстоятельством, что он был в свое время дядькой царевича Федора Ивановича. Позднее ходили слухи, что Андрей Клешнин оказался причастен к делу царевича Дмитрия («точен крови»), а автор «Нового летописца» прямо обвинял его в организации зловещего убийства с помощью Битяговских[116]
.Следственная комиссия боярина князя Василия Шуйского, как известно, сделала другой вывод — о несчастном случае, в результате которого погиб царевич Дмитрий. Дополнительные обвинения были выдвинуты в адрес Нагих, чья «измена» заключалась в бессудных расправах с дьяком Михаилом Битяговским и его сыном Данилой, с мальчиками Осипом Волоховым (сыном кормилицы) и Никитой Качаловым, торопливо обвиненными в смерти царевича. Также были наказаны за участие в убийствах и последовавших затем грабежах жители Углича, прежде всего чернь, рядовые посадские люди. Несколько сотен человек отправили в ссылку и даже показательно «казнили» вестовой колокол, собиравший угличан на царицын двор. Со временем официальная трактовка событий при прямом участии князя Василия Шуйского поменялась. Нагие в Смутное время сумели оправдаться. Правда, для этого потребовались сначала чудесное «воскрешение» Дмитрия из небытия, а потом торжественное погребение в Архангельском соборе тела царевича, перевезенное из Углича в Москву в 1606 году. Сам князь Шуйский трижды клялся в истинности своих слов — всякий раз утверждая прямо противоположное сказанному ранее: сначала, исполняя должность главы следственной комиссии, клялся, что Дмитрий умер случайной смертью; потом, в начале царствования Лжедмитрия I, — что Дмитрий вообще не умер, а спасся, и, наконец, вступив на царский престол, — что царевича Дмитрия Ивановича убили по приказу Бориса Годунова. По сходной дороге лжесвидетельств прошли Нагие, породнившиеся в 1604/05 году с тем, кого обвиняли в смерти царевича (дочь окольничего Андрея Клешнина Мария вышла замуж за царицыного брата и участника угличских событий Григория Федоровича Нагого). Поэтому вся история угличского дела 1591 года оказалась настолько запутанной, что у историков уже пятый век нет никакой надежды разобраться в том, что же действительно произошло на бывшем дворе удельных князей в Угличе в шестом часу субботнего утра 15 мая 1591 года. Известно только, что после обедни в праздничный день на «память отца нашего Исайи, епископа ростовскаго чюдотворца», царевича отпустили погулять под присмотром мамки и кормилицы и поиграть ножичками в «тычку» с «маненкими робятки». А дальше — звон всполошного колокола на угличской Спасской соборной церкви возвестил о вступлении Русского государства в эпоху Смуты.
Находясь в Угличе, боярин князь Василий Иванович Шуйский хорошо и быстро расследовал обстоятельства происшествия. У него уже был опыт службы в Московском судном приказе в 1584–1585 годах. Сколько бы кто потом ни пытался говорить о фальсификации дела, подготовленного комиссией Шуйского, оснований для этого нет. Никто из исследователей так и не смог доказать, что князь Василий Шуйский подделал результаты расследования. Разночтения вызывают лишь структура перепутанных листов дела, но не их аутентичность или наличие в изначальных материалах следствия. Реальные обстоятельства угличской драмы, известные из следственного дела и других источников, оставляют возможность только одной трактовки событий — как несчастного случая.