Находясь между жалованьем и опалой, князья Шуйские много раз должны были смирять себя, понимая, что при Борисе Годунове они не могут рассчитывать на такую же власть и влияние, какие имели их предки у московских великих князей. Но правителю было этого мало, и он постоянно «работал» над тем, чтобы не дать князьям Шуйским снова усилиться. Испытанным средством распределения влияния внутри элиты были назначения в полковые воеводы, имевшие местническое значение и учитывавшиеся в разрядных книгах. Помощниками в проведении такой политики стали для Годунова князья Трубецкие. Эти потомки удельных князей особенно прославились вхождением в «опричный» и «особый» дворы, где и сблизились с Годуновым. Уже Иван Грозный назначал своих бояр в полки, «как хотел», поэтому в 1577 году князь Тимофей Романович Трубецкой получил местническое преимущество перед князем Иваном Ивановичем Голицыным. И сколько бы потом князья Голицыны не пытались оправдаться, их «потерька» продолжала учитываться и далее в назначениях времен царя Федора Ивановича[121]
. Опираясь на покровительство Бориса Годунова, князь Тимофей Романович Трубецкой попробовал также покуситься и на положение князей Шуйских, бив челом «о местах» сразу же на старшего в роду боярина князя Василия Федоровича Скопина-Шуйского, отправленного в начале шведского похода в декабре 1589 года в Псков, а затем находившегося на воеводстве в Новгороде Великом. И эту челобитную «о щоте», поданную в сентябре 1591 года, приняли в Разрядном приказе, а значит, делу был дан законный ход и Трубецкого уже могли считать победителем в споре. Однако в таких случаях весь род защищал свою честь от местнических соперников. Поэтому князья Василий Иванович и Дмитрий Иванович Шуйские вступились за своего старшего родственника, пусть даже и происходившего из другой ветви рода. В разрядной книге потом записали об их челобитной: «Да били челом государю царю и великому князю Федору Ивановичю всеа Русии бояре князь Василей да князь Дмитрей Ивановичи Шуйские. А сказали, что писал ко государю боярин князь Тимофей Романович Трубецкой на боярина на князь Василья Федоровича Шуйского о местех не по делу; а боярину князю Тимофею мочно быть менши их меншова брата (использован обычный трафарет, применявшийся в местнических спорах. —О службах боярина князя Василия Ивановича Шуйского в 1590-е годы известно немного. Его «реабилитация» после угличского следственного дела, видимо, уже не подлежала сомнению. Он стал «осадным воеводою» в Новгороде в «100-м» (1591/92) году, сменив князя Василия Федоровича Скопина-Шуйского. Первое после долгого перерыва упоминание боярина князя Василия Ивановича Шуйского как участника царского «стола» 21 ноября 1591 года, скорее всего, могло быть связано с отъездом в Новгород. За время пребывания князя Василия Шуйского на воеводстве случился большой мор в Псковской и Новгородской землях. Когда опасность миновала, воевода вернулся в Москву[124]
.