Летописец никак не комментирует изгнание Ивана Можайского. Однако вслед за рассказом о можайском походе Василия Тёмного следует сообщение о грозном знамении в Москве: «Того же лета, августа 31, гром страшен бысть, и порази на Москве церковь камену Рожество Богородици, иже имать приделану к ней церковь Лазарь святый» (22, 144). В этом соседстве двух столь различных на первый взгляд известий угадывается определённый умысел. Рождественская церковь в московском Кремле была построена в 1393 году вдовой Дмитрия Донского княгиней Евдокией. Она служила своего рода памятником Дмитрию Донскому и Куликовской битве. Эта церковь принадлежала к числу любимейших храмов московской княжеской семьи. Очевидно, летописец придавал особый смысл тому, что в княжение Василия II кремлёвские храмы навлекали на себя удары с небес. В августе 1450 года сначала молния ударила в кремлёвский Архангельский собор, а через несколько дней буря сломала на нём крест (22, 123). Теперь огненная стрела ударила в Рождественскую церковь. Это случилось в один из Богородичных праздников — день Положения честного пояса Пресвятой Богородицы в Халкопратии. Всё это можно было понять только как проявление Божьего гнева, вызванного преступлениями князя Василия.
В Московской Руси дела государственные тесно переплетались с церковными. Следуя примеру преподобного Сергия Радонежского, лучшие люди Русской церкви смело вступали в спор с власть имущими. И чем больше зла совершали правители, тем чаще на их пути становились неподкупные хранители вечной правды Евангелия. Не избежал такого рода столкновений и Василий Тёмный. Летом 1454 года он ездил в Троицкий монастырь для объяснений со своим духовником, игуменом Мартинианом Белозерским. Этот яркий представитель «заволжских старцев» в 1446—1447 годах решительно поддержал Василия в борьбе с Дмитрием Шемякой. Однако после победы Слепого он не захотел быть его послушным слугой. Житие преподобного сообщает: однажды игумен дал гарантии неприкосновенности одному сбежавшему из Москвы в Тверь боярину, которого великий князь непременно хотел заполучить обратно. Поверив Мартиниану, боярин вернулся и тут же был брошен в темницу. Узнав об этом, игумен немедля отправился в Москву. Явившись во дворец, он объявил, что отныне лишает Василия своего благословения. Великий князь велел освободить боярина и сам отправился в Троицу, чтобы испросить прощение у старца.
Житие Мартиниана Белозерского не называет точной даты этого происшествия. Да и финал его, кажется, в действительности был несколько иным. Наблюдения над жалованными грамотами Троицкому монастырю показывают, что после 3 июля 1453 года Василий Тёмный перестаёт называть в своих грамотах троицкого игумена по имени. В этом явно проявляется его недовольство Мартинианом. Примечательно, что охлаждение отношений между Василием II и его духовником наблюдается с тех самых пор, как в Москве узнали об отравлении Дмитрия Шемяки. По-видимому, Мартиниан осудил это злодеяние и назначил Василию строгую епитимью. Это и послужило главной причиной его удаления. История с беглым боярином, случившаяся весной или летом 1454 года, стала последней каплей, переполнившей чашу. (Согласно тексту Жития, преподобный был игуменом в Троице около восьми лет (1447—1455). На деле это могли быть и семь с половиной лет, превратившиеся в восемь в результате наложения различных календарных систем). Ужесточая борьбу за единовластие и принимаясь в связи с этим за своих прежних друзей и союзников, Василий Тёмный хотел иметь троицким игуменом и своим духовным отцом человека более сговорчивого и гибкого, нежели Мартиниан. К тому же старец и сам тяготился своей высокой должностью, мечтал о возвращении в молчаливые северные леса. В период между 3 марта и 22 сентября 1454 года он оставил Маковец и ушёл обратно в Ферапонтов монастырь (100, 56). На его место был назначен троицкий старец Вассиан Рыло, позднее ставший ростовским владыкой. Понятно, что такой важный акт, как смена троицкого игумена, требовал присутствия на Маковце самого великого князя. С этой целью он и совершил поездку на Маковец летом 1454 года, прямого упоминания о которой источники не сохранили.
Лето 1454 года отмечено было для Василия не только церковными делами, но и опасным набегом татар из Волжской Орды, во главе которой стоял тогда хан Седи-Ахмат (Сейид-Ахмет). Предводительствовал отрядом «Салтан царевич сын Сиди Ахметьев» (31, 262). Грабители переправились через Оку ниже Коломны. Коломенский наместник Иван Васильевич Ощера замешкался (или оробел перед множеством врагов) и позволил татарам беспрепятственно разграбить всю округу.