Вернувшись из новгородского похода, Василий II отпраздновал рождение ещё одного сына — Юрия Младшего. Он появился на свет ровно через год после Ивана — 22 января 1441 года. Крестил младенца тот же игумен Троицкого монастыря Зиновий, который годом раньше окрестил княжича Ивана. В месяцеслове найден был и соответствующий святой, чьё имя следовало дать младенцу при крещении. За две недели до дня рождения Юрия Младшего месяцеслов содержал память преподобного Георгия Хозевита — древнего палестинского отшельника. (Имя Юрий возникло от искажённого произношения имени Георгий — «Гюрги»). Родителям явно хотелось дать младенцу имя своего умершего первенца — традиционное для князей московского дома. Их не смущали даже неприятные воспоминания о Юрии Звенигородском.
Весной и летом 1441 года Василий II был занят главным образом церковными делами. 19 марта этого года в Москву явился митрополит-униат Исидор. Его попытки убедить великого князя и русских иерархов принять Флорентийскую унию успеха не имели. Через несколько дней после приезда Исидор по приказу Василия II был посажен под стражу в Чудов монастырь.
Вопрос о принятии унии имел не только религиозный, но и политический аспект. Здесь сталкивались самые различные традиции и интересы. Василий II нуждался в поддержке церковных верхов. Дружба с митрополичьей кафедрой была одним из важнейших принципов московской политики со времён Ивана Калиты. При Василии I митрополиты-византийцы Киприан и Фотий не раз помогали Москве улаживать конфликты с Литвой. Они и сами были кровно заинтересованы в сохранении мира в регионе. Только в условиях мира им удавалось «сидеть на двух стульях»: управлять всеми православными епархиями Восточной Европы, включая и те, которые находились в Литве и Польше. И всё же процесс политической консолидации в Восточной Европе неизбежно влёк за собой обострение конфронтации между Москвой, Вильно и Краковом, а стало быть, и распад некогда единой Киевской митрополии на три самостоятельных образования — московскую, литовскую и польскую православные митрополии. Политическое единение Литвы и Польши в рамках Кревской унии (1385), позднее — Городельской унии (1413) создавало предпосылки для объединения православных епархий этих стран под властью одного иерарха. Но для московской митрополии в этой системе места явно не находилось.
Разрыв с православными епархиями в Юго-Западной и Западной Руси воспринимался в Москве крайне болезненно. Многие считали такой исход трагедией, предательством своих единоверцев, брошенных на произвол «латинян». Любые шаги светской власти, ведущие к расколу, могли вызвать сильное недовольство в московских церковных кругах. С этим столкнулся ещё Дмитрий Донской, пытавшийся в 1378 году поставить на митрополичью кафедру своего фаворита попа Митяя, кандидатура которого была заведомо неприемлемой для «зарубежных» епархий. Наследник Донского Василий I не желал иметь те же проблемы и потому приглашал на московскую кафедру митрополитов-византийцев, которые в силу своей этнической «нейтральности» и политической гибкости более или менее устраивали как Москву, так и Вильно. Вероятно, ту же роль принял бы на себя и присланный из Константинополя митрополит Исидор. Однако патриархия, во-первых, сильно запоздала с назначением Исидора, что заставило москвичей подобрать собственного кандидата на митрополию — рязанского епископа Иону; а во-вторых, — и в этом была суть проблемы — Исидор оказался униатом, «изменником православия». Принять Исидора — значило бы в дополнение к едва утихшей «феодальной войне» получить ещё и «религиозную войну».
Арест митрополита-униата был едва ли не самым смелым решением осторожного Василия II. Отдав этот приказ, великий князь вступал на путь окончательного раскола издревле единой Русской митрополии и разрыва с Константинополем. Это был путь великого одиночества, вступив на который Московская Русь отныне должна была во всём полагаться только на свои собственные силы. Страх и сомнения одолевали бедного Василия. Он явно не создан был для таких судьбоносных решений. Ему хотелось убедить себя и всех окружающих в том, что ещё не все мосты сожжены, что можно ещё как-то уладить дело с Литвой и патриархом. Он приказал дьякам сочинить почтительное письмо патриарху Митрофану II (1440—1443) с жалобой на еретика Исидора и просьбой разрешить москвичам самим избрать церковного главу. В послании великий князь настаивал на том, что выборы митрополита на Руси отнюдь не будут означать её разрыва с константинопольской патриархией (102, 132).