В вопросе об Исидоре Василий II постоянно прислушивался к мнению русских иерархов и даже созвал с этой целью весной 1441 года своего рода поместный собор. Позиция епископов в этом сложном деле также была довольно противоречивой. С одной стороны, каждый из них понимал неизбежность возникновения национальной, автокефальной московской митрополии. Но была и обратная сторона проблемы. Традиционная связь Русской церкви с Константинополем, высокий статус митрополичьей кафедры помогали русским иерархам сохранять определённую независимость в отношениях со светскими властями. Да и сам великий князь, с одной стороны, желал подчинить себе митрополичью кафедру, а с другой — боялся ослабления авторитета этого общерусского института, огромные возможности которого московские князья давно научились использовать в своих интересах.
Великому князю следовало тщательно учесть все эти сложные, противоречивые настроения. Любой неосторожный шаг мог дать сильные козыри его врагам. Опаснее всего было навлечь на себя обвинения в «вероотступничестве» — самом тяжком из грехов, который стоил трона многим христианским правителям. Но нельзя было и дать основания для обвинений в нарушении церковных правил. В частности, арест и вообще насилие по отношению к епископу категорически воспрещались канонами. Митрополит Исидор, при всём его униатстве, был всё же законным образом рукоположенным иерархом Русской церкви. Содержание его под стражей, а тем более физическая расправа с ним грозили Василию II анафемой со стороны патриарха. Однако и освободить Исидора из-под стражи значило бы косвенно снять с него обвинения в «ереси». Таким образом, сложилась ситуация, напоминавшая знаменитую двусмысленную резолюцию императора Павла I: «казнить нельзя помиловать».
Поначалу москвичи хотели заставить Исидора отречься от унии, обещая взамен честь и свободу. В случае отказа митрополиту угрожали казнью. Однако это был твёрдый и храбрый человек, почитавший распространение унии своим нравственным долгом. На все уговоры он отвечал отказом. Дело таким образом зашло в тупик.
В конце концов, просидев под стражей с полгода, низложенный митрополит вместе с двумя учениками, иноком Григорием и Афанасием, бежал из Москвы в Тверь. Похоже, что этот «побег» был подстроен московскими властями. Известно, что Василий II не велел преследовать беглеца. В Твери поначалу, кажется, просто не поняли сути дела. Исидор был вновь арестован по приказу князя Бориса Александровича. Теперь уже ему пришлось ломать голову над тем, как поступить с «еретиком». Проведя ещё полгода в тверском заточении, Исидор не мечтал более об обращении Руси в унию. И когда тверской князь, следуя примеру Василия II, предоставил ему возможность уйти — «отпусти в Великий пост на средокрестнои недели» (45, 47), — Исидор не раздумывая уехал в Литву. Оттуда он перебрался в Рим, где был обласкан папой. Позднее Исидор дважды совершал рискованные путешествия из Рима в Константинополь по вопросу об унии. Умер этот неутомимый борец за соединение церквей в 1463 году. За заслуги перед Римом он был награждён папой саном кардинала и званием легата, а позднее даже удостоен титула «патриарха».
Благополучно избавившись от Исидора и переложив заботу о нём на плечи Бориса Тверского, Василий II поручил общее руководство церковными делами рязанскому епископу Ионе, который не имел ещё официального поставления в митрополичий сан ни от патриарха, ни от собора русских епископов. В таком двусмысленном положении он провёл семь лет (1441—1448).
Усмирив Новгород и уладив дело с Исидором, Василий II решил, что настало время совершить ещё один шаг — покончить с последним из мятежных Юрьевичей, князем Дмитрием Шемякой. Историки высказывают предположения, что его побудили к действию какие-то «крамольные» начинания Шемяки в ходе событий 1439—1441 годов. Однако никаких ясных сведений на сей счёт источники не содержат. Известно лишь, что осенью 1441 года Василий II попытался неожиданным ударом овладеть Угличем — удельной столицей Дмитрия Шемяки. В случае успеха этой вероломной акции Дмитрий Юрьевич оказался бы московским пленником и имел все шансы повторить судьбу своего старшего брата Василия Косого.
Однако такие стремительные рейды требовали качеств, которыми обладали старшие Юрьевичи, но не обладал Василий II. Поначалу замыслы великого князя сорвал некий дьяк Кулудар Ирежский, уведомивший Дмитрия Шемяку об опасности. Тот немедля ускакал из Углича на запад, в лесные чащи Бежецкого Верха. Высланная вслед за беглецом погоня вернулась ни с чем. Кто-то выдал Василию II виновника его неудачи. Месть великого князя, как обычно, была изощрённо жестокой. Он приказал забить несчастного кнутом, «по станом водя» (27, 150).