И еще одна проблема волновала командование армии Советской Латвии и лично И.И. Вацетиса. Дело в том, что в связи с пополнением воинских частей недостаточно подготовленными добровольцами и мобилизованными дисциплина в ней стала снижаться. 25 февраля 1919 г. на совещании РВС армии Советской Латвии, на котором присутствовали Главком Вацетис, член Реввоенсовета Республики С.И. Аралов. При рассмотрении вопросов о формировании и снабжении армии, возник разговор о необходимости издать временный устав — инструкцию о революционной дисциплине в армии. Вскоре было разработано «Положение о революционной дисциплине, порядке и боеспособности в Армии Советской Латвии», отдельные положения которого отредактировал И.И. Вацетис. В этом документе разъяснялся порядок отдачи и выполнения приказов, приказаний, распоряжений. Опубликовано данное Положение было в середине марта 1919 г.
В полках армии Советской Латвии и в начале 1919 г. продолжали существовать, хотя в значительно меньшей мере, некоторые особенности их внутренней жизни. Вопрос об отношении к этим особенностям, свойственным структуре и внутреннему порядку в латышских стрелковых частях, обсуждался на 3-й конференции социал-демократических организаций латышских полков в феврале 1919 г. Накануне конференции армейская газета «Сарканайс стрелниекс» («Красный стрелок») опубликовала ряд статей, посвященных вопросу о внутреннем устройстве армии, — центральному вопросу конференции. Возникла дискуссия. Как участники дискуссии, так и делегаты конференции стремились к одному — к утверждению стабильной и жизнеспособной структуре армии Советской Латвии, однако собирались осуществить это разными путями.
Например, военный комиссар Советской Латвии К.А. Петерсон и инспектор армии Р.И. Берзинь, выступая на конференции, ратовали за необходимость дальнейшего укрепления роли Реввоенсовета армии, как ее высшего органа. Они же говорили о преимуществах внутреннего устройства, введенного в частях и соединениях Красной Армии РСФСР, где выборные комитеты уже утратили свое значение. Но так как латышские стрелки привыкли к комитетам, осуществлявшим связь коммунистических фракций полков с беспартийными массами стрелков, выступавшие предлагали сохранить их в качестве органов хозяйственного контроля. Представитель Исколастрела Т. Зекке утверждал, что и в новых условиях полковые комитеты будут играть важную роль в сплочении воинских коллективов, дисциплинировании красноармейцев, повышении их боеспособности. Отсюда и предложение — наделить полковые комитеты функциями административного и хозяйственного контроля.
Помимо этих двух проектов, несколько отличавшихся друг от друга, но однозначно требовавших сужения сферы деятельности комитетов, был предложен и третий вариант. Он предусматривал в качестве высшего органа армии специальный Совет, а Исколастрелу предлагалось заниматься организацией оперативной, административной, юридической и хозяйственной деятельности с правом назначения командного состава, начиная с командира батальона. Этот проект был отвергнут сразу, а за основу был принят второй проект.
Проблема структуры армии Советской Латвии была рассмотрена также на 4-м съезде Компартии Латвии (КПЛ) в начале марта 1919 г. По данному вопросу выступили два докладчика — К.Х. Данишевский и Р. Баузе. Первый из них изложил позицию ЦК Компартии Латвии о необходимости максимального приближения структуры латышских полков к структуре остальных частей Красной Армии. Второй же (Р. Баузе) ратовал за сохранение комитетов и их влияния в армии Советской Латвии. При голосовании эти проекты набрали примерно одинаковое число голосов. В принятых 4-м съездом КПЛ решениях предусматривалось ограничение прав комитетов и Исколастрела и сохранение за ними функций хозяйственного и административного контроля.
Весь январь и февраль 1919 г. И.И. Вацетис пробыл в Латвии. Начало года было многообещающим, и уже казалось, что еще немного пройдет времени и оккупанты вместе с белогвардейцами будут окончательно изгнаны с территории Латвии. Но уже в первой половине января 1919 г. резко усилилась угроза с севера. Эстонским правителям при помощи стран Антанты, главным образом Англии, при поддержке Финляндии удалось к этому времени добиться перелома в военных действиях под Таллином. Оттесняя советские части правого боевого участка 7-й армии в Северной Эстонии, белоэстонские войска начали наступление в южном направлении, создав угрозу Советской Латвии. Поэтому в армии Советской Латвии пришлось срочно создавать четвертую группу войск — Валкскую. В ее состав вошли как дислоцированные в районе Риги части 2-й бригады 1-й стрелковой дивизии, так и прибывшие сюда полки ее 3-й бригады (командир бригады — Е. Штейн, комиссар — Я. Бейка).