Говоря о научных подходах Г.А. Арбатова и к его деятельности на посту директора Института, необходимо подчеркнуть его способность видеть политические процессы в целом и, в частности, его знание, как готовятся и принимаются решения на уровне государственных органов. Признавая безусловный приоритет таких решений в формировании политического курса, академик Г.А. Арбатов считал, что имеется целый ряд этапов развития этого процесса, которые не могут и не должны решаться без участия науки. Его убежденность в этом была настолько сильной, что в начале 1990-х гг. он пошел на риск вызвать недовольство президента Б.Н. Ельцина, когда увидел, что принимаются важные государственные решения, игнорирующие позиции компетентных и опытных экспертов, к числу которых относился и он сам. Г.А. Арбатов утверждал, что осуществляемая Е. Гайдаром и его командой «экстремистско-либеральная» экономическая программа была не только «подсказана, но и в известной мере навязана, в частности, обещаниями щедрой экономической помощи Запада и его главными финансовыми организациями» – МВФ и Всемирным банком. По его мнению, она «нанесла народному хозяйству России больше ущерба, чем десятилетия разорительной гонки вооружений и холодной войны.
Его отставка из президентского Высшего консультативного и координационного совета в 1994 г. была предсказуема, но он пошел на нее, отстаивая свои принципы. Г.А. Арбатов не был оптимистом, рассматривавшим весь спектр отношений между Россией и США сквозь «розовые очки». Он понимал, что между обеими странами могут быть добрые отношения, но путь к ним будет чрезвычайно труден. Прошло уже более двух десятилетий после окончания холодной войны. Все эти годы Россия и США стремились, с разной степенью интереса и добросовестности, построить новые отношения, в которых были бы задействованы механизмы разрешения противоречий, формирование общих взглядов на происходящее в международных отношениях и отдельных странах. В каких-то случаях это получалось, в каких-то – нет. В целом, надо признать, что определенную формулу отношений, которая устраивала бы обе стороны и отвечала бы их целям и интересам, создать так и не удалось. Отношения между Россией и США неровные, поддаются влиянию конъюнктурных факторов. Ясно, что в политике обеих сторон по отношению друг к другу имеются существенные недостатки, не дающие возможности расширить сферу конструктивного сотрудничества. Тем не менее Г.А. Арбатов считал, что положительные итоги в том, что «закончилось изнурительное, опасное и бессмысленное глобальное геополитическое и геостратегическое соперничество двух сверхдержав СССР и США с огромными коалициями их союзников и сателлитов. В локальных конфликтах бывшие противники стали нередко сотрудничать, а не противостоять друг другу, как раньше. Была несколько свернута расточительная гонка вооружений, сократились потенциалы ядерного оружия и обычных вооружений и вооруженных сил.
На передний план вышло взаимодействие великих держав по нераспространению ядерного оружия. Однако, несмотря на эти первоначальные успехи, не удалось добиться коренного перелома в построении нового миропорядка на основе многостороннего сотрудничества, главенства дипломатии в разрешении межгосударственных споров, верховенства международного права и его институтов во главе с ООН, радикального разоружения и использования оставшихся военных потенциалов для совместного миротворчества и общей обороны. А раз такие основы не были закреплены, в текущем десятилетии принципы сотрудничества стали все более размываться международными противоречиями, новыми линиями противостояния, недоверием и враждебностью, что даже позволило некоторым политикам всерьез обсуждать возможность возобновления новой холодной войны.
Но так ли неизбежна новая холодная война в многополярном и глобализирующемся более сложном и динамичном мире? Вместо одной главной угрозы возникло множество новых и разноплановых опасностей, начиная от распространения ракетного и ядерного оружия, от рвущегося к средствам массового уничтожения международного терроризма и кончая этническими религиозным экстремизмом, незаконной миграцией, гигантской контрабандой наркотиков и оружия, работорговлей, массовым голодом и эпидемиями, нехваткой энергии и пресной воды, вероятностью экологических катастроф и т.д.