Его трагедия заключалась в том, что он всегда любил мир больше, чем войну, в то время как соседи богатой республики собирали силы, чтобы уничтожить ее. В 1660 году Карл II был восстановлен на троне Англии. Он недвусмысленно рекомендовал своего племянника, Вильгельма III Оранского, доброй воле Яна де Витта; вскоре он потребовал отмены «Акта об уединении», по которому Вильгельм был лишен права занимать должность; де Витт согласился, и таким образом король Стюартов невольно подготовил падение династии Стюартов. В октябре 1664 года английская экспедиция захватила голландскую колонию Новый Амстердам и переименовала ее в Нью-Йорк в честь герцога Йоркского (будущего Якова II), возглавлявшего тогда английский флот. Генеральные штаты Соединенных провинций заявили протест; протест был проигнорирован, и в марте 1665 года началась Вторая голландская война.
Приготовления, сделанные де Виттом, теперь оправдались. Слабость руководства перешла от Генеральных штатов к небрежному и некомпетентному правительству Карла II; и пока веселый монарх танцевал со своей любовницей, де Витт снискал аплодисменты даже своих врагов энергией и преданностью, с которыми он занимался всеми аспектами и деталями военной организации. Он неоднократно плавал с флотом, подвергал себя всем опасностям сражений и вдохновлял экипажи своим мужеством и рвением. Голландский флот пока не мог сравниться с английским ни в кораблях, ни в людях, ни в дисциплине; и в первом крупном столкновении войны английский флот под командованием герцога Йоркского одержал решительную победу над голландцами (Лоустофт, 13 июня 1665 года). Терпеливые бюргеры восстановили флот и отдали его под командование одного из самых способных и смелых адмиралов в истории. В июне 1667 года Мишель Адриаансзон де Рюйтер провел шестьдесят шесть кораблей в Темзу, захватил форт Шернесс (около сорока миль к востоку от Лондона), сломал заграждения, преграждавшие вход в Медуэй (впадающий в Темзу у Шернесса), и захватил, сжег или потопил шестнадцать английских военных кораблей, которые лежали там, не готовые к столь бесцеремонному визиту (12 июня 1667 года). Карл II, не имея склонности к войне, велел своим дипломатам предложить голландцам приемлемый мир. 21 июля 1667 года между двумя державами был подписан Брединский договор. Голландцы передали Англии, казалось бы, малозначимый Нью-Йорк и согласились салютовать английскому флагу в английских водах; Англия передала голландцам колонию Суринам (Голландская Гвиана, в Южной Америке) и изменила Навигационный акт в пользу голландской торговли. Договор стал умеренной победой де Витта и привел его к пику карьеры.
Но теперь он совершил целую череду фатальных ошибок. Он еще больше отдалил сторонников Вильгельма III, проведя через провинциальное собрание Голландии (5 августа 1667 года) «Вечный эдикт», исключающий любого стадхолдера любой провинции из числа верховных военных или морских командиров Союза. После этого приверженцы молодого принца ушли из армии, оставив ее без опытного руководства. К сожалению, этот акт семейного соперничества произошел в то время, когда Франция вторглась в Испанские Нидерланды, тем самым поставив под угрозу жизненно важные интересы Соединенных провинций. Франция, контролирующая южные провинции, вскоре вновь откроет Шельду для иностранной торговли; возрожденный Антверпен бросит вызов коммерческому превосходству Амстердама; вся экономика северных провинций окажется под угрозой. И как долго Людовик XIV будет останавливаться на голландской границе? Если бы он решил поглотить Соединенные провинции и взять под контроль устья Рейна, страна фактически перестала бы существовать, а голландский протестантизм был бы обречен.
Де Витт предложил агрессивному королю ряд компромиссов, но они были отвергнуты. Он заключил с Англией (23 января 1668 года), а вскоре после этого и со Швецией Тройственный союз для совместной обороны от расширяющейся Франции. Людовик тактично согласился прекратить свою «Войну за отступление» при условии сохранения кордона городов и крепостей, захваченных им во Фландрии и Хайнауте. Эти условия были приняты Англией и Швецией, а значит, и Объединенными провинциями, в Экс-ла-Шапельском договоре (2 мая 1668 года). Судя по всему, опасность была предотвращена благодаря дипломатии де Витта. В июле он был избран на четвертый пятилетний срок великим пенсионером республики.