Это была упущенная возможность, поскольку новый парламент был в подавляющем большинстве англиканским. Он залечил старые раны, восстановив епископат в Шотландии и Ирландии; восстановил церковные суды для наказания за «богохульство» и неуплату десятины в пользу англиканской церкви; сделал англиканскую Книгу общих молитв обязательной для всех англичан; Акт о корпорациях (20 ноября 1661 г.) лишил права занимать государственные должности всех лиц, не принявших причастие по англиканскому обряду до избрания; Акт о единообразии (19 мая 1662 г.) обязал всех священнослужителей и учителей принести клятву о неподчинении королю и заявить о своем полном согласии с Книгой общей молитвы. Священнослужители, отвергшие эти условия, должны были покинуть свои жилища до 24 августа. Около двенадцати сотен человек отказались и были изгнаны. Они, а также восемьсот человек, уже вытесненных восстановленными англиканами, вместе с большей частью общин присоединились к разросшейся группе «сект» или «диссентеров», которые в конце концов вынудили принять Акт о веротерпимости 1689 года.
Карл попытался изменить Акт о единообразии, попросив парламент разрешить ему освободить от потери своих благодеяний тех священнослужителей, чьи единственные возражения касались ношения сюртука или использования креста при крещении; лорды согласились, общины отказались. Он попытался смягчить удар, отложив исполнение акта на три месяца; это тоже не удалось. 26 декабря 1662 года он опубликовал декларацию, в которой объявил о своем намерении освободить от наказаний, предусмотренных актом, мирных людей, чья совесть не позволяет им принести требуемую присягу; но парламент с недоверием отнесся к этому обращению и отклонил его как подразумевающее власть короля «освобождать» от повиновения законам. Карл выразил свои чувства, освободив заключенных квакеров (22 августа 1662 года) и подтвердив религиозную терпимость в хартиях, которые он даровал Род-Айленду и Каролине, а также в своих инструкциях губернаторам Ямайки и Виргинии.
Парламент считал, что подобной толерантности не должно быть места в Англии. Чтобы положить конец квакерским «конвентам», он определил их как собрания более чем пяти человек, помимо членов семьи; и постановил (1662), что любой человек, присутствующий на таком собрании, должен быть оштрафован на пять фунтов или подвергнут трехмесячному тюремному заключению за первое нарушение, на десять фунтов или шесть месяцев за второе, а за третье — сослан на каторжные плантации. Преступники, не способные оплатить расходы на перевозку в колонии, должны были отбывать пятилетний срок в качестве наемных рабочих; а перевезенные каторжники, сбежавшие или вернувшиеся в Англию до истечения срока, должны были быть преданы смерти. В 1664 году эти меры были распространены на пресвитериан и индепендентов. Акт о пяти милях» 1665 года запрещал священнослужителям, не являющимся юристами, проживать в пределах пяти миль от любого корпоративного города, а также преподавать в любой школе, государственной или частной. Эти законы стали называть Кларендонским кодексом, поскольку они были введены в действие главным министром короля вопреки воле государя. Карл принял это суровое законодательство, поскольку обращался к парламенту за средствами, но он так и не простил Кларендона и потерял уважение к епископам, которые так скоро после восстановления оказались столь жестоки в мести и бедны в благотворительности. Чарльз пришел к выводу, что «пресвитерианство — не религия для джентльмена, а англиканство — не религия для христианина». 39
Англиканская церковь, признавая свою зависимость от монархии, вновь, как никогда ранее, утверждала божественное право королей и смертельную греховность сопротивления установленному королевскому правительству. В 1680 году книга сэра Роберта Филмера «Патриархия, или Утверждение естественной власти королей» вышла в свет, спустя двадцать семь лет после его смерти, и стала стандартной защитой этой доктрины. В «Суждении и указе» Оксфорда (1683) ведущие богословы англиканской церкви объявили «ложным, подстрекательским и нечестивым, даже еретическим и богохульным» (а значит, смертным преступлением) утверждение, что «власть исходит от народа, что если законные правители становятся тиранами, они теряют право на управление, что король имеет лишь координальное право с двумя другими сословиями, лордами и общинами»; и добавлялось, что «пассивное повиновение является отличительной чертой и характером Церкви Англии».» 40 Эта доктрина оказалась неудобной, когда два года спустя Яков II попытался сделать Англию католической.