В 1801 году он начал, но оставил незаконченным и неопубликованным значительное эссе «Критика конституции Германии» (Kritik der Verfassung Deutschlands, опубликовано в 1893 году). Глядя на Германию, он вспоминал мелкие княжества, которые разделили Италию эпохи Возрождения и открыли ее для иностранного завоевания, и помнил мольбу Макиавелли о сильном князе, который соберет эти разрозненные части в единую нацию. Он не верил в Священную Римскую империю и предрекал ее скорый крах. «Германия больше не является государством… Группа людей может называть себя государством только в том случае, если она объединяется для общей защиты всей своей собственности». Он призывал к объединению Германии, но добавлял: «Такое событие никогда не было плодом размышлений, а только силой… Общее множество немецкого народа… должно быть собрано в одну массу силой завоевателя».35
Предположительно, у него и в мыслях не было вызывать Наполеона, но когда в 1805 году Наполеон разгромил австрийцев и русских при Аустерлице, Гегель, возможно, начал задумываться, не суждено ли этому человеку объединить не только Германию, но и всю Европу. Когда в следующем году французская армия подходила к Йене, а будущее Европы казалось поставленным на карту, Гегель увидел Наполеона, проезжающего через Йену (13 октября 1806 года), и написал своему другу Нитхаммеру:
Я видел, как Император — эта мировая душа — выехал на разведку в город. Это поистине удивительное ощущение — видеть, как такой человек, сосредоточенный здесь, в одной точке, верхом на одной лошади, тем не менее охватывает весь мир и управляет им….. Добиться такого прогресса от четверга до понедельника под силу только этому необыкновенному человеку, которым невозможно не восхищаться….. Теперь все желают удачи французской армии.36
На следующий день французская армия одержала верх, и некоторые французские солдаты, ускользнув от взора мировой души, начали грабить город. Одна группа вошла в снятую Гегелем комнату. Увидев на мундире капрала крест Почетного легиона, философ выразил надежду, что столь уважаемый человек будет с честью относиться к простому немецкому ученому. Захватчики довольствовались бутылкой вина, но распространение грабежей напугало Гегеля и заставило его укрыться в кабинете вице-президента университета.
5 февраля 1807 года Кристина Буркхардт, жена гегелевского домовладельца, родила мальчика, которого рассеянный профессор признал одним из своих анонимных произведений. Поскольку герцогу Саксен-Веймарскому было трудно финансировать йенский факультет, Гегель решил, что сейчас самое время попробовать себя в другом городе, с другой женщиной и другой задачей. 20 февраля он покинул Йену и стал редактором «Бамбергер цайтунг». В суматохе он опубликовал (1807) Phänomenologie des Geistes. Никто, кажется, не подозревал, что впоследствии эта работа будет признана его шедевром, а также самым сложным и основополагающим вкладом в философию между Кантом и Шопенгауэром.
Раздраженный правительственной цензурой своей газеты, Гегель покинул Бамберг (1808) и стал директором гимназии в Нюрнберге. Он добросовестно трудился на новом поприще, не только преподавая, но и руководя, но жаждал надежного и более подходящего места в выдающемся и платежеспособном университете. 16 сентября 1811 года, в возрасте сорока одного года, он женился на Марии фон Тухер, двадцатилетней дочери нюрнбергского сенатора. Вскоре после этого Кристина Буркхардт нанесла супругам визит, в ходе которого предложила им четырехлетнего сына Гегеля, Людвига. Его жена мужественно встретила эту ситуацию, приняв мальчика в свою семью.