Залив Свиней на Кубе стал еще одной важной вехой в становлении механизмов предупреждения и действий. Этот инцидент показал уязвимость, которая может возникнуть при передаче эстафеты от одной президентской администрации к другой. Когда Джон Кеннеди был избран президентом, ЦРУ под руководством Аллена Даллеса, брата бывшего государственного секретаря Джона Фостера Даллеса, разработало планы свержения Фиделя Кастро, молодого кубинского лидера, которому тогда было всего тридцать четыре года, опираясь на смесь кубинских беженцев, поддерживаемых американскими войсками. Даллес представил свой план совершенно новой администрации Кеннеди, и он был одобрен через несколько дней после инаугурации Кеннеди. Последующая операция обернулась колоссальным провалом и невероятным конфузом для нового президента. И это несмотря на предупреждение Эйзенхауэра о том, что "план не может быть разработан до тех пор, пока не будет сформировано ожидающее правительство". Эйзенхауэр полагал, что новая администрация поймет риски, прежде чем приведет в действие планы ЦРУ. Возникшая в результате катастрофа заложила основу для отношений США и Кубы до настоящего времени и многими упоминается как один из факторов, способствовавших Кубинскому ракетному кризису, который последовал чуть менее чем через два года. Он также представляет собой, возможно, первый большой шаг в приближении процесса принятия решений к Белому дому. Ни один президент не хочет, чтобы в первый год его правления произошла внешнеполитическая катастрофа, особенно катастрофа его собственного производства. Урок, который Кеннеди извлек из "Залива свиней", заключался в том, что он не только хотел, чтобы его печать стояла на всех ключевых решениях, но и чтобы Белый дом осуществлял тщательный надзор за всеми действиями по их реализации. Кеннеди быстро сменил Даллеса на посту директора ЦРУ, желая, чтобы "его люди" стояли во главе машины национальной безопасности. Это стало повторяющейся темой почти всех последующих президентских администраций.
Кубинский ракетный кризис стал самым крупным испытанием машин предупреждения и действий во время холодной войны. Несмотря на огромные расходы на системы наблюдения и предупреждения, включая новую зарождающуюся космическую программу, администрация Кеннеди была удивлена тем, что советский лидер Никита Хрущев устанавливает на Кубе ракеты, способные доставить ядерные боеголовки в Соединенные Штаты с небольшого расстояния. Джон Маккоун, новый директор ЦРУ Кеннеди, был единственным среди советников Кеннеди, кто предупредил, что Хрущев планирует такой смелый шаг. Одна из странностей истории заключается в том, что Маккоун был в медовом отпуске во время решающего периода, когда растущие разведывательные данные нуждались в защитнике в Совете национальной безопасности Кеннеди. Другие не видели этого или не верили, и поэтому угроза продолжала расти.
Как позже стало известно из документов ЦРУ, "догадка МакКоуна превратилась в реальность, когда фотографии, сделанные самолетом-шпионом U-2, показали строительство советских баллистических ракет средней дальности в районе Сан-Кристобаля, на севере Кубы". Последующие тринадцать дней стали поворотным моментом холодной войны. Последующие тринадцать дней стали поворотным пунктом в холодной войне, несомненно, самым близким к ядерной войне, к которой когда-либо приближались как Соединенные Штаты, так и Советский Союз. Кеннеди и Хрущев поддерживали связь на протяжении всего кризиса. В какой-то момент Хрущев отправил Кеннеди следующее сообщение: "Если нет намерения обречь мир на катастрофу термоядерной войны, то давайте не только ослабим силы, тянущие за концы веревки, но и примем меры, чтобы развязать этот узел. Мы готовы к этому". Кризис был разрешен, когда Кеннеди обязался не вторгаться на Кубу, Хрущев убрал ракеты с Кубы, а Кеннеди позже убрал американские ракеты и боеголовки из Турции. Машины предупреждения и действия выдержали самое серьезное испытание на сегодняшний день. Между Белым домом и Кремлем была установлена прямая связь, известная как "горячая линия".
Несмотря на то, что Кеннеди действовал по предупреждению и кризис в конечном итоге был разрешен, Кеннеди не знал критически важной информации в то время. Как напоминает нам Грэм Эллисон, автор самой известной книги о Кубинском ракетном кризисе "Суть решения", Соединенные Штаты и Россия снова идут нога в ногу из-за войны в Украине: