Разумеется, Байи не имел ни малейшего понятия о щекотливых подробностях биографии «тюремного святого», а тот, успев приобрести немалый навык в своем хлопотливом ремесле, вначале ничего не выспрашивал у Байи. Напротив, Герли доверил ему «важные тайны», а потом фламандец сам отплатил доверием за доверие. Спрос на услуги расторопного «великомученика» быстро возрастал. Герли был отнесен к числу арестантов, которым разрешали свидания с посетителями. Одним из них оказался посланец епископа Лесли, попросивший Герли помочь в установлении связи с Байи. Герли с готовностью согласился. Переписка между фламандцем и послом Марии Стюарт стала проходить через руки Герли, а фактически - через канцелярию Сесила, где снимались копии со всех писем. Но письма были шифрованными, а раскрыть код никак не удавалось. Тут еще Герли допустил досадную ошибку. Ему приходилось чуть ли не ежедневно писать длинные отчеты лорду Берли, в которых, разумеется, полагалось использовать официальную правительственную терминологию при упоминании всех недругов королевы. В разговорах же с Байи Герли нужно было находить совсем иные слова для наименования тех же лиц и событий. И вот у «святого», как на грех, один раз сорвалось с языка слово «мятежники» в отношении участников недавнего католического восстания. Этого было достаточно, чтобы фламандец догадался о подлинной роли Герли.
Пришлось действовать в открытую. Байи доставили к грозному министру, который потребовал от него расшифровать переписку с Лесли. Заключенный сослался на то, что якобы потерял ключ к шифру. После этого допроса Байи был переведен в Тауэр. Там в одиночной камере он был надежно изолирован от своих сообщников. Министр приказал подвергнуть фламандца пытке, чтобы заставить раскрыть секрет шифра.
Байи был, по-видимому, склонен давать наставления даже самому себе. На стенах его камеры сохранилась вырезанная на камне надпись: «Мудрым людям следует действовать с осмотрительностью, обдумывать то, что они намерены сказать, осматривать то, что они собираются брать в руки, не сходиться с людьми без разбора и превыше всего не доверять им опрометчиво. Шарль Байи». Однако он, вероятно, забыл то веское обстоятельство, что люди слишком часто поступают вопреки собственным мудрым поучениям.
В Тауэре Байи подвергли допросу под пыткой, впрочем, не очень суровой по понятиям того жестокого времени. Понятно, что и испанский посол дон Герау, и тем более епископ Лесли с напряженным вниманием ждали известия о том, удалось ли сломить упорство фламандца. Дон Герау сообщал в своих депешах, что Байи напуган, но ему не нанесли больших телесных повреждений. Представителю Филиппа II было легко сохранять невозмутимость - не то что его коллеге, епископу Лесли, которого очень слабо защищал пост посла королевы, свергнутой с престола в Шотландии и содержащейся под стражей в Англии. Он понимал, что в любую минуту может разделить участь Байи, если пытка развяжет язык его сообщника. Однако единственное, что мог сделать Лесли, это посылать Байи постельные принадлежности и хорошую пищу с напоминаниями, как надлежит вести себя в языческих темницах христианским борцам за веру.
Между тем Берли по-прежнему не считал дыбу наилучшим способом узнать от фламандца тайны заговорщиков. Пусть Герли опростоволосился. Но, учитывая выявившуюся податливость Байи на уговоры «христианских великомучеников», надо было подослать к нему «святого» с безупречной репутацией. И здесь сама собой напрашивалась кандидатура доктора богословия Стори. Это был ярый католический фанатик, призывавший к убийству Елизаветы.
Стори эмигрировал в Нидерланды, где герцог Альба поручил ему роль таможенного цензора. Его обязанностью было просматривать книги, находившиеся на кораблях, прибывавших в Антверпен, и конфисковывать протестантские сочинения, которые контрабандным путем пытались провозить во владения Филиппа II. Понятно, что ни сам доктор Стори, ни его богоугодная, как он считал, деятельность не вызывали восторга в Лондоне. Поэтому, когда однажды Стори явился на английский корабль для обычного досмотра, команда неожиданно подняла паруса, и доктор вскоре очутился в одной из лондонских тюрем. Суд приговорил его к смерти, но Елизавета, в эти годы нередко разыгрывавшая комедию милосердия и твердившая о нежелании отправлять людей на эшафот за политические преступления (это после казни сотен участников восстания на Севере!), не утвердила смертный приговор.