До конца войны Склифосовский работал в прусских перевязочных пунктах и госпиталях, делал операции. Был награжден прусским Железным крестом. Среди медиков России его имя получило известность, и в 1870 году по рекомендации Пирогова Склифосовский получил приглашение занять кафедру хирургии в Киевском университете, но в Киев так и не попал – грянула франко-прусская война. Склифосовский снова отправился добровольцем на фронт, снова военным хирургом и, естественно, снова в прусскую армию, с которой прошел всю кампанию.
Вернувшись в 1871 году на родину, он оказался не в Киеве, а в Москве, где стал преподавать хирургическую патологию в Медико-хирургической академии, одновременно заведуя хирургическим отделением в клиническом военном госпитале.
Прервала эту работу очередная, третья в жизни Склифосовского, война, черногорско-турецкая, где он был врачом-консультантом по хирургии при Красном Кресте. В том же году, вернувшись домой, он получил звание генерала медицинской службы. Увидев его «при полном параде», Пирогов с улыбкой сказал:
– Вот теперь вы, дорогой Николай Васильевич, стали тем, кем были всегда, – генералом от медицины.
Склифосовский ответил без всякого подобострастия или лести:
– Зато вы, Николай Иванович, давно уже фельдмаршал от медицины!
В следующем году – очередная война, четвертая и последняя в жизни Склифосовского, русско-турецкая, которую он прошел, как говорится, от звонка до звонка. Отнюдь не отдавая распоряжения в генеральском мундире, а в одной рубашке с засученными рукавами трудясь в госпиталях. Он перевязывал первых раненых при знаменитой переправе русских войск через Дунай, был хирургом в самых горячих местах – под Плевной и на Шипке, где во время одной из поездок попал под турецкий огонь, но вышел из этой переделки без единой царапины. Когда того требовали обстоятельства, генерал медицинской службы мог стоять у операционного стола сутками, не отвлекаясь ни на сон, ни на еду. Так было во время яростных контратак армии Сулеймана-паши: Склифосовский, иногда под огнем противника, оперировал четверо суток подряд. По сохранившимся отчетам, в тот период через его госпиталь прошло не менее десяти тысяч раненых. Врач-ассистент и сестры милосердия (среди которых была и его вторая жена Софья Александровна) поддерживали его силы тем, что порой в промежутках меж операциями вливали в рот несколько глотков вина.
По возвращении в Петербург Склифосовский принял в заведование хирургическую клинику. В последующие два года он опубликовал ряд работ по щитовидной железе и о проблемах удаления челюсти, выпустил «Краткое руководство по хирургии», одно из первых в России.
В 1880 году он переехал в Москву, где был избран деканом медицинского факультета Московского университета – там и проработал до 1893 года. «Московский период» считается наиболее продуктивным периодом научно-преподавательской деятельности ставшего уже знаменитым хирурга. Склифосовский одним из первых стал проводить операции по удалению кисты яичника, разработал методику оперативного лечения мозговых грыж, грыж брюшной стенки, рака языка и челюстей, желудка, операций по удалению камней из мочевого пузыря, удаления зоба, операций на гортани. Одним из первых русских хирургов стал делать операции на брюшной полости. Совместно с И. Н. Насиловым предложил новый способ соединения длинных трубчатых костей при так называемых «ложных суставах», иногда при неудачном лечении начинавших формироваться на месте перелома. Этот метод в России стали называть «Замок Склифосовского», а за границей – «Русский замок».
Склифосовский разрабатывал новые методы пластических операций, широко пропагандировал антисептику и асептику, одним из первых в России введя и то и другое в хирургическую практику. В 1885 году, будучи почетным председателем 1-го Пироговского съезда врачей, он выступил с речью об антисептике: «Об успехах хирургии под влиянием противогнилостного метода». Кстати, Склифосовский первым в России сделал как операцию на брюшной полости (на свище желудка), так и удаление зоба и мозговой грыжи.
Его домашняя жизнь была полной противоположностью той, что завел у себя Пирогов, – в доме Склифосовских всем как раз умело и умно заправляла жена Софья Александровна. В гостях у Склифосовских бывали и композитор Чайковский, и художник Верещагин, и знаменитый юрист Кони. Интересы уже известного хирурга были достаточно обширны: он любил живопись, литературу, музыку. К слову, его жена стала лауреатом Международного музыкального конкурса Венской консерватории, а дочь Ольга училась музыке у известного композитора Николая Рубинштейна. Склифосовский дружил со знаменитым медиком Боткиным (о котором речь еще впереди), профессором химии и композитором А. П. Бородиным, писателем и поэтом А. К. Толстым.