Стремление обрести свободу совести воодушевляло пилигримов мужественно переносить все невзгоды продолжительного путешествия через океан, псе лишения и опасности жизни в необитаемых краях, с благословением Божьим заложить на берегах Америки основание могущественной нации. Но несмотря на свою честность и богобоязненность, пилигримы все же не понимали то всей полноте значения великого принципа религиозной свободы. Свободой, приобретенной ими ценой таких огромных жертв, они не были готовы поделиться с другими. "Даже среди выдающихся мыслителей и моралистов XVII века очень немногие имели правильное представление о величайшем принципе Нового Завета, признающем Бога единственным Судьей человеческой веры". Учение о том, что Бог дал церкви право господствовать над совестью, определять и наказывать ересь, - одно из самых глубоко укоренившихся заблуждений папства. Отрекаясь от католического вероучения, реформаторы в то же самое время не был и вполне свободны от его духа религиозной нетерпимости. Еще не рассеялся полностью тот густой мрак, которым в течение долгих столетий папство окутывало все христианство. Один из видных деятелей штата Массачусетс сказал: "Это веротерпимость сделала мир антихристианским; и нет беды в том, что церковь наказывает еретиков". Колонисты приняли постановление, по которому только члены церкви имели право голоса в гражданском правлении. Была создана своего рода государственная церковь, и все люди были обязаны поддерживать духовенство, а городские власти получили полномочия пресекать всякую ересь. Таким образом, светская власть оказалась в руках церкви. Подобные меры вскоре привели к неизбежному последствию - гонениям.
Спустя одиннадцать лет после основания первой колонии в Новый Свет приехал Роджер Уильямс. Подобно первым пилигримам, он стремился сюда, чтобы обрести свободу, но, в отличие от них, понимал, что свобода - неотъемлемое право всех людей, независимо от их вероисповедания. Он был искренним искателем правды, разделяя вместе с Робинсоном мнение, что вся полнота света Слова Божьего миром еще не воспринята. Уильямс "был первым человеком в современном христианстве, который в основу гражданского правления заложил принципы свободы совести и равенства убеждений перед лицом закона". Он заявил, что власть обязана пресекать преступления, но ни в коем случае не попирать свободу совести. "Общество или же представители власти, - сказал он, - могут решать, как люди должны относиться друг к другу, но когда они пытаются предначертать, как человек должен относиться к Богу, то они превышают свои полномочия и создают опасное положение, ибо само собой разумеется, что если кто-то обладает властью, то сегодня он может навязывать одно вероисповедание, а завтра совсем другое. Так поступали в Англии многие короли и королевы, подобные решения принимались папами и соборами римской церкви. В результате в вопросах веры возникло немало неразберихи".
Посещать богослужения официальной церкви требовалось под угрозой штрафа или же тюремного заключения. Уильямс осудил этот закон; одним из самых худших положений английского законодательства было требование обязательного посещения церкви местного прихода. Принуждение людей к объединению с теми, кто исповедовал другую веру, он оценивал как открытое и прямое нарушение их естественных прав; заставлять же посещать богослужения неверующих и далеких от религии людей - значило поощрять лицемерие. "Никого, - говорил он, - нельзя принуждать посещать богослужения или же помогать церкви материально". "Как? изумлялись его противники, - разве трудящемуся не полагается платить?" "Да, отвечал он, - но платить должны те, кто нанял служителя".
Роджера Уильямса уважали и любили как верного служителя, человека редчайших дарований, неподкупной честности и широкого сердца, но его настойчивое отрицание права светской власти управлять церковью и требование религиозной свободы эта власть стерпеть не смогла. Опасаясь, что претворение в жизнь его идей разрушит государственные устои и ниспровергнет правительство, власть имущие постановили изгнать Уильямса из колонии. Чтобы избежать ареста, он был вынужден в лютый мороз скрываться в глухом лесу.
"В течение четырнадцати недель, - впоследствии вспоминал он, - я скитался, не имея ни крова, ни куска хлеба. Но вороны кормили меня в пустыне, и дуплистые деревья не раз служили мне убежищем". Он продолжил свой мучительный путь через непроходимые заснеженные леса, пока наконец не набрел на индейское племя, и вскоре завоевал уважение и любовь индейцев, наставляя их в евангельских истинах.