Смута постепенно улеглась…
Мария Федоровна Пожарская неоднократно посещала Покровский монастырь, вносила на обитель денежные вклады, встречалась с сыном и с бывшей царевной.
В 1622 году Ксения тяжело заболела. Все дни и ночи князь Василий проводил у постели своей любимой, которая умерла на его руках 30 августа 1622 года. Обезумевший от горя и невыносимых страданий, Василий в тот же день постригся в монахи под именем Вассиана. Все дни он не покидал могилу Ксении, а на
Княгиня Мария Федоровна перевезла тело сына в родовую усыпальницу Пожарских. Останки же царской дочери, по указу Михаила Романова, перевезли в Троицкую обитель и положили в усыпальницу Годуновых.
Перед кончиной келейница Ольга написала духовную грамоту, назначив своим душеприказчиком родственника Вельяминова, который затем на помин ее души дал вклад в Троицкий монастырь, о чем говорится во Вкладной книге: «131 (1622) — го году сентября в… день по царевне Ольге Борисовне дал вклад Никита Дмитриевич Вельяминов образ пречистые богородицы Одегитрия обложен серебром чеканным золочен, в венце 7 камышков розных цветов… Образ Спасов Еммануила обложен серебром басмою. Образ Видение чудотворца Сергия обложен серебром басмою, венцы резные». Кроме икон, Вкладная книга называет различную церковную утварь, серебряную посуду, шубы. Заканчивается вкладная запись словами: «И за тот вклад тело царевны иноки Ольги Борисовны погребли в дому живоначальные Троицы и имя ее написали в вечные сенаники с сельники».
Еще до смерти инокиня Ольга «била челом» царю Михаилу Романову, чтобы быть погребенной вместе со своей семьей. В связи с этим Михаил Федорович писал затем о царственной монахине суздальскому архиепископу Арсению: «… отходя сего света, приказала нам бити челом пожаловати, тело ее велети погрести у Живоначальныя Троицы в Сергиевом монастыре с отцом ее и с матерью вместе».
В последующее время в Лавре Живоначальной Троицы, месте погребения царской семьи, каждое первое мая творилось торжественное поминовение по «царе Борисе Федоровиче Годунове, супруги его Марии Григорьевне, сыне Федоре Борисовиче и дщери Ксении, в инокинях Ольге Борисовне».
Образ царской дочери глубоко запал и в народное сознание. «Русские песни, жалеючи царевну, «плакались» о ее бедах. «Народная фантазия, — писал Ф. И. Буслаев, издавший две песни о Ксении, — с глубоким эстетическим тактом пощадила свою прекрасную героиню, сохранив ее образ чистым, незапятнанным от прикосновения Расстриги».
О переживаниях, о горе девушки, потерявшей родных и постригаемой в монастырь в дни горького для Руси вторжения польских панов и Григория Отрепьева, говорится о Ксении Годуновой. Песня дает характерное для народной лирики сопоставление образов (так называемый параллелизм): малая птичка-перепелка плачет над разоренным гнездом: девушка оплакивает гибель семьи и свое пострижение в монастырь.
В XIX веке образ монахини Ольги нашел отражение в академической живописи. В 1914 году Лавра предполагала перестроить гробницу Годуновых «на подобие часовни с окнами и входом во внутрь ее», но не получила должной поддержки у Археологического общества.
Ксения Годунова — современница и жертва трагических событий русской истории начала XVII века.