СОР, как и прежде, имел 4 сектора обороны. Деление войск на сектора имело как положительные, так и отрицательные аспекты. Такое деление, с одной стороны, упрощало управление войсками и руководство строительством оборонительных сооружений, с другой стороны, уменьшало гибкость маневрирования резервами и ухудшало оборону и взаимодействие частей на стыке секторов. В строительстве оборонительных сооружений это деление имело также отрицательные стороны: терялся общий план и система организации централизованнго орудийного огня, все отдавалось на откуп комендантам секторов обороны. Основу артогня главной базы по-прежнему составляли батареи и доты БО (старые и вновь возводимые), но кроме них возводились и армейские доты и дзоты, не подчиненные общей системе. Армейские сооружения, как правило, не имели капитального характера. Несмотря на то, что в литературе пишется о «…едином руководстве армии и флота», на деле видно четкое разграничение в управлении между армией и флотом в том числе и в процессе строительства оборонительных сооружений. Доты БО подчинялись коменданту береговой обороны и передавались лишь в оперативное подчинение начальникам секторов.
Интересен тот факт, что из состава ЧФ Приморской армии были переданы шесть морских орудий. Орудия предназначались для установки на батареях, обслуживаемых армейскими расчетами. Они получили наименование «батареи морских орудий». Позиции этих батарей также оборудовались армейскими частями. Одна батарея находилась в районе современной ГРЭС, вторая – в районе современной ул. Генерала Мельника, третья – в Балаклаве рядом со старой позицией 19-й батареи, за скалой. После боев зимнего штурма зенитная артиллерия Приморской армии понесла ощутимые потери. Во многих зенитных батареях оставалось по одному-два орудия. Для них стали оборудовать долговременные огневые позиции с укрытиями для личного состава. На немецких картах они так и обозначены: «одиночное зенитное орудие». На наших картах и схемах они по-прежнему обозначались как зенитная батарея на долговременном основании. В некоторых местах были оборудованы т.н., узлы сопротивления. Отдельные строения или хутора, находящиеся в полосе обороны, укреплялись огневыми точками, дома и ограды перестраивались и укреплялись бетоном. Силами армейских инженеров были оборудованы многочисленные укрытия для личного состава. Часто для этой цели использовались подвалы разрушенных домов, перекрытия которых были усилены бетоном. В верховьях балок было построено большое количество жилых землянок, т.к. существующих казарм и убежищ для размещения личного состава не хватало.
Все объекты старались строить с соблюдением маскировки, и после сдачи все объекты были неплохо замаскированы. Хорошая маскировка объектов обороны повышала их живучесть. Анализ хроники боевых действий в период третьего штурма показывает, что в целом линия обороны была подготовлена неплохо, кроме... тех участков, где наносился основной удар противника. Хорошо подготовленная, имевшая тыловые позиции линия обороны в районе г. Кара-Коба и напротив х. Мекензия, укрепления во втором секторе, в районе Федюхиных высот, а особенно, рубежи в первом секторе обороны, сыграли совсем небольшую роль.
Свою отрицательную роль сыграла и разобщенность в командовании секторов и несогласованность при строительстве оборонительных сооружений, слабое оборудование районов стыков между секторами и несогласованность при их обороне. Хорошо подготовленный немецкой разведкой главный удар пришелся в самое слабое место обороны на стыке 3-го и 4-го секторов. В основном, укрепления новых Передового и Главного рубежа представляли собой дзоты, землянки, остатки траншей и проволочных заграждений, сборные железобетонные пулеметные и артиллерийские доты. Сохранность сооружений , как правило, плохая. Основательно построенных монолитных артиллерийских и пулеметных дотов на этом рубеже почти не встречается. Сборные железобетонные огневые точки (СЖБОТ) на рубеже были построены, в основном, упрощенной конструкции и меньшего размера, чем строились ранее, без сквозника.