Далеко не столь благополучно протекало плавание третьего корабля экспедиции - шлюпа "Надежды", которым командовал мичман Шельтинг. Закончив обследование японских берегов, он последним спешил в Охотск. На борту корабля было множество больных, несколько человек уже умерло. Тихая погода, сопутствовавшая плаваниям Шпангберга и Вальтона, сменилась теперь полосой штормов, всю тяжесть которых в этот поход и суждено было испытать "Надежде" и, что всего досаднее было для моряков, всякий раз вблизи от дома. Уже совсем близко находились от Большерецка, как вдруг, вследствие налетевшего неистовой силы шторма, потерявший способность управления корабль едва не очутился на мели. С тяжелыми повреждениями все же вошли в реку. Залечив раны, через несколько дней двинулись в центральную базу флотилии - Охотск. 18 сентября были уже совсем близко от него, как вдруг - новый шторм с дождем и снегом. "На якорь, за худостью каната, не решались стать и потому, оставаясь в дрейфе, были волнами многократно накрываемы". Шторм унес моряков на целый градус к югу. При все еще противном ветре опять стали подниматься на север. Корабль имел весьма потрепанный вид: снасти по большей части перебиты, паруса изодраны, из людей почти никого здоровых. Погода упорно издевалась над несчастными моряками. Вторично подходили к Охотску, и вторично жестокий противный шторм с дождем и снегом гнал измученных моряков обратно. "Спасая живот", опять легли в дрейф, "и от того момента - широта 58° 18' - счисление прекратилось, потому что не только лаг бросить, но едва можно было на палубе стоять, потому что сильными волнами многократно судно покрывало".
Подошедшим валом огромной величины судно едва не было опрокинуто; люковицы оказались разломанными, вода стала заливать трюм. Привязанные канатами к бортам и мачтам, - чтобы не вынесло за борт, - не покладая рук работали промоченные до нитки моряки, заделывая повреждения и вычерпывая ведрами воду из трюма. 1 октября снова приблизились к Охотску, и снова та же картина, а между тем провизии и воды становилось на корабле все меньше. Неизвестно, чем закончился бы поход "Надежды" в Охотск, если бы команда не обратилась к командиру с просьбой оставить эти попытки и идти на зимовку в Большерецк на Камчатку. Шельтинг согласился. В Большерецк пришли 7 октября, еще до наступления заморозков.
Так или иначе, японский поход был выполнен и с результатами не плохими: были открыты, осмотрены и описаны Курильские острова, а также северные части Японии. Весь этот район земного шара получал теперь совершенно иной вид, ничего общего не имевший с теми обозначениями на картах, которые считались в ту пору правильными. Проблематические земли, все эти Компанейские острова, Штаты и пр., красовавшиеся до той поры на картах и прочно запечатлевшиеся во многих умах, должны были навсегда исчезнуть.
Но вот пред нами еще одна поучительная и вместе печальная страница из истории развития науки. Рутина, косность, интрига, злоба сделали то, что Шпангбергу еще долго не верили и отнеслись к его донесениям вначале с полнейшим невниманием.
Вернемся к нашему путешественнику. Прибыв в Охотск, Шпангберг еще застал там Беринга, оставшегося очень довольным результатами японского похода. Задача похода была безусловно выполнена. Шпангберг заслужил и ожидал для себя больших наград. Но он полагал, что успех всего предприятия станет еще более значительным, если он приведет в русское подданство обитателей Курильских островов, о чем было рассказано выше. С этой целью Шпангберг просил Беринга разрешить ему на следующий год совершить еще один поход. Не учтя предложения Шпангберга и исходя из чисто формальных соображений (по программе на японский поход полагалось лишь два лета, каковые и были уже использованы), Беринг не решился самолично продлить срок экспедиции, а потому направил своего коллегу в Петербург для самостоятельных действий. Донесения же его немедленно отправил в Петербург через Якутск, где Шпангберг должен был провести зиму. Шпангберг выехал в дальний путь, не подозревая, что против него уже вьется клубок интриг.
Лишь только японская экспедиция закончилась, тайные и явные враги Шпангберга воспрянули духом и принялись строчить в Петербург кляузы. Штурманский офицер Петров, тот самый, которого Шпангберг грозил повесить на рее, объявил на своего начальника страшные "слово и дело". Другой его недруг, готовый при первой возможности перегрызть ему горло, уже известный нам беспокойный Писарев, "боясь бога", но тем не менее исходя из ложных предпосылок и в дальнейшем не без логической последовательности развивая их, горячо доказывал, что все путешествие Шпангберга обман, что он не был в Японии вовсе, а лишь прошелся у берегов Кореи.