Власть на короткое время переходит к Бельскому и митрополиту Иоасафу, сторонникам сильной централизованной власти, благодаря которым из-под стражи освобождается семья умершего в заключении удельного князя Андрея Ивановича Старицкого — его жена Евфросинья и сын Владимир. Молодому князю возвращают отцовский удел и недвижимое имущество в Москве. Ему дозволяется видеться с великим князем и иметь свой двор, бояр и детей боярских, только двор этот состоял уже не из числа приближенных его умершего отца, а из ставленников Москвы.
В отличие от современников, Бельский по каким-то причинам не применял репрессивных мер по отношению к своим недоброжелателям, что было расценено ими как слабость и, надо полагать, ускорило конец его правлению. К январю 1542 года сторонники Шуйских составили новый заговор, в результате Иван Бельский был отстранен от власти, вновь арестован и сослан на Белоозеро, где его четыре месяца спустя и убили слуги Шуйских. Не менее решительно действовали заговорщики и в отношении митрополита: они устроили на него настоящую облавную охоту, гоняясь за Иоасафом из митрополичьих палат в покои великого князя, — захватить его удалось только на подворье Троицкого монастыря. Жизнь митрополита висела на волоске, ибо единомышленники Шуйского уже готовы были убить его. Лишь вмешательство игумена Алексея предотвратило самосуд. Иоасаф был низложен, сослан в Кирилло-Белозерский монастырь, а на его место, в угоду многочисленным новгородским участникам заговора, возвели новгородского архиепископа Макария, ставшего впоследствии одним из величайших церковных деятелей Руси.
Следует отметить, что во время этого переворота Шуйские проявили не только враждебность к своим противникам, но и полное небрежение к подрастающему Ивану Васильевичу, покои которого они бесцеремонно обыскивали в поисках приверженцев прежнего фаворита. Это сильно напугало великого князя и зародило в его душе жажду мести. Но он был слишком молод для принятия самостоятельных решений, поэтому Шуйские и их сторонники еще целых два года упивались своей властью, ущемляя Ивана IV в повседневной жизни, унижая его человеческое достоинство и оскорбляя как государя. Единственно, в чем Шуйские потворствовали ему, так это в развитии его отрицательных наклонностей и жестокости по отношению сначала к животным, а потом и к людям. Что же касается придворного этикета, то на всех официальных церемониях и приемах они вынуждены были раболепствовать перед великим князем, выказывая полную готовность превратиться в пыль у его ног. Все это развивало в Иване IV, с одной стороны, презрение к рабам-ласкателям, а с другой — ненависть к строптивым вельможам, беззаконно похитившим его права.
Последней каплей, переполнившей чашу терпения государя, стала безобразная сцена, произошедшая в сентябре 1543 года на Государственном совете: Шуйские и их единомышленники набросились с кулаками на Федора Воронцова, которого Иван Васильевич в последнее время приблизил к себе, и чуть не убили его. Только заступничество митрополита Макария и великого князя спасло тому жизнь, правда, не спасло от ареста и ссылки в Кострому. Неведомо, каким поводом воспользовался тринадцатилетний Иван IV, но через три месяца после этого случая он приказал схватить «первосоветника боярского» Андрея Шуйского и отдать его псарям, которые по дороге в тюрьму и убили его, затравив собаками. С тех пор, говорит летописец, начали бояре от государя страх иметь и послушание.