Хотя латинское завоевание было временным, именно с него начался последний период византийской политической и церковной истории. Религиозная жизнь Византии и вся ее нравственная и интеллектуальная атмосфера в течение последних двух столетий перед падением Константинополя несли на себе печать разрушения в результате латинского завоевания, героического возрождения греческого народа, разлада и упадка, которые, по иронии судьбы, наступили вскоре после освобождения Константинополя. Помнить об этом историческом прошлом совершенно необходимо. Крестоносцам не удалось завоевать всю Империю. Совместно с венецианцами они владели Константинополем в течение полстолетия. Франкское владычество в самой Греции и на островах Архипелага продолжалось около двух веков; венецианцы завладели некоторыми островами и стратегически важными торговыми портами. Византия, однако, продолжала свое существование, обосновавшись вокруг древнего города Никея. Никейская империя представляет собой один из самых удивительных сюжетов византийской истории. Она находилась под управлением способного Феодора Ласкариса, зятя одного из последних императоров, а затем, в свою очередь, уже его зятя, Иоанна Ватаци, может быть, еще более замечательного человека. Хотя в то же самое время существовали и другие государства–преемники, Эпирский деспотат Ангелов и империя Великих Комнинов в Трапезунде, Никейская империя была вскоре признана большинством греков как законная Империя. Эпирский деспотат угас примерно в конце XIII в.; несмотря на то, что Тралезундской империи было суждено пережить Константинополь и она оставалась важным коммерческим и интеллектульным центром, ее роль в международной истории очень невелика. Будущее было за действенной Империей никейцев. Сын Иоанна Ватаци, Феодор II, был человеком высоко интеллектуальным, но не политиком. После его смерти в 1258 г. престол был захвачен честолюбивым знатным человеком, Михаилом Палеологом, основателем последней византийской императорской династии. Он не только начал отвоевывать Греческий полуостров, но в 1261 г. его войска захватили Константинополь и положили конец Латинской империи.[20]
С точки зрения как религиозной, так и политической, для Византии отвоевание столицы было нравственным триумфом и вопросом престижа Империи. Это, однако, создало новые сложности. Восстановить Константинополь оказалось дорогостоящим предприятием. Чтобы противостоять венецианцам, был заключен договор с генуэзцами; генуэзцам византийцы должны были платить концессии, которые в перспективе давали первым возможность контролировать всю торговлю Империи. Запад пылал жаждой мщения; Михаилу удавалось защищать себя только ценой дорогостоящей внешней политики и обещаниями унии с Римом. Против этого было большинство представителей Церкви, уже заранее настроенных против императора, учитывая его неразборчивость в средствах при узурпации престола. Богатства, накопленные экономными никейскими императорами, были растрачены. Неразумно было экономить на защите восточных границ. Казалось, что оттуда не грозит непосредственная опасность, в то время как на Балканах Болгарское царство династии Асеневичей представляло потенциальную угрозу, а Сербская империя династии Уроша становилась зловеще могущественной.
Европейская политика Михаила была успешной. Существенных проблем со стороны Запада не было и при его сыне, Андронике И, который при этом сумел добиться примирения с Церковью, отказавшись от церковной политики своего отца. Сербское могущество, однако, росло; ослабленная восточная граница подвергалась опасности со стороны энергичного турецкого эмира по имени Осман, люди которого, известные под именем османы или оттоманы, начали совершать набеги на Империю. У императора не хватало воинов, и он поспешно собрал наемный отряд каталанцев. Каталанская экспедиция обернулась против своего работодателя: каталанцы осаждали Константинополь в течение двух лет, разорили провинции и допустили турок в Европу, а затем отступили и обосновались в Афинах. Правление Андроника II закончилось переворотом: в 1328 г. он был низвергнут своим внуком Андроником III.