Кирилл был деятельным патриархом Александрии. Он переместил патриаршую кафедру из находившегося в упадке морского порта в Каир, который был административным центром провинции. Он реорганизовал финансы патриархата и реформировал школьное дело. Он уладил распрю в Кипрской церкви; также ездил в Иерусалим на интронизацию своего друга Феофана.[421]
Но жизнь в Египте, где ему приходилось общаться только с греками–купцами и провинциальными чиновниками, была слишком уединенной для человека с его энергией и интеллектом. Он слишком мало времени проводил среди своих собратьев–греков. Обучение в Падуе и контакты с протестантами в Польше обусловили его интерес к новым тенденциям западной религиозной мысли.Этот интерес усилился в результате дружбы с одним голландцем, Корнелием ван Хаагом, которого он, вероятно, впервые встретил во время путешествия ван Хаага по Средиземному морю в 1598 г. В 1602 г. ван Хааг был назначен первым посланником от Генеральных Штатов при Высокой Порте. С тех пор всякий раз, когда Кирилл бывал по делам в Константинополе, он посещал нидерландское посольство. По его просьбе ван Хааг выписал для него несколько богословских книг из Голландии и связал его с богословом Яном Витенбогертом, учеником Арминия. С ним Кирилл в течение многих лет находился в переписке. Его контакты с голландцами усилились в результате поездки по Средиземноморью в 161 ΤΙ 619 гг. голландского богослова, Давида ле Люде Вильгельма, с которым у него тоже завязалась переписка.[422]
В письмах к голландским друзьям он начал выказывать растущее сочувствие протестантскому учению. В1613 г. Кирилл писал Витенбогерту, что он верит только в два Таинства, и они не могут приносить благодать без веры, хотя вера без Таинств равным образом не имеет ценности. Он добавил, что Греческая церковь сохраняет много ошибочных обрядов, хотя она всегда допускала возможность ошибки.[423] В ряде писем к де Вильгельму он подчеркивал необходимость заменить греческое избыточное разнообразие «евангельской простотой» и руководствоваться только авторитетом Св. Писания и Св. Духом. Он говорит о своих страданиях от того, что он увидел в Иерусалиме, где поведение верующих показалось ему в высшей степени языческим. Он рад тому, что его взгляды полностью совпадают с мнениями де Вильгельма по всем богословским вопросам.[424] В письме от 1618 г. к итальянцу Марко Антонио де Доминису, который оставил католическую архиепископскую кафедру, чтобы стать протестантом, он высказывается еще более откровенно. Кирилл говорит, что он находит реформатское учение более соответствующим Св. Писанию, чем учение Греческой и Латинской церквей. Он ставит под сомнение авторитет отцов Церкви. «Я более не могу терпеть, что люди говорят, будто толкования человеческой традиции имеют равную цену со Св. Писанием», — пишет он. Он добавляет, что на его взгляд поклонение иконам губительно, и ему даже стыдно сознаться, что созерцание Распятия помогает его молитве. Призывание святых, добавляет он, это оскорбление нашего Господа.[425]Вряд ли Кирилл делился этими взглядами с греками. Они знали его только как способного и энергичного патриарха, у которого были друзья–иностранцы, а также его твердое противостояние Риму.
Именно в эти годы Константинопольский патриарший престол занимали Неофит II и Рафаил II, которые благосклонно смотрели на унию с Римом. Когда Неофит разрешил итальянскому греку произнести речь, которая открыто призывала к унии, Кирилла попросили сказать проповедь против нее и остаться в Константинополе для руководства действиями против латинян.[426]
Он все еще находился там, когда в январе 1612 г. умер Неофит. Большинством св. синода Кирилл был избран патриархом. Но он не мог или не хотел платить Высокой Порте определенную сумму за утверждение его избрания. Противники Кирилла в синоде тогда поставили другого кандидата, Тимофея, епископа Мармары, который обещал султану и его министрам сумму большую, чем обычно; и синоду было приказано избрать его.[427]Тимофей, избранный только из‑за своего богатства, из ревности пытался доставить Кириллу неприятности в Египте. Кириллу даже пришлось на некоторое время удалиться на Афон, а затем он посетил Валахию, господарь которой, Михаил Бассараб, учился вместе с ним в Падуе.